Tandis que le monde entier lutte contre l’agent pathogène responsable du COVID-19, les origines du virus restent imprécises. Le point de départ de l’épidémie se situe en Chine. Mais où exactement ? Dans quel milieu ? On a d’abord évoqué la chauve-souris comme agent vecteur, puis le pangolin – qui fait l’objet d’un braconnage massif. Finalement, à ce jour, le patient zéro n’a toujours pas été identifié et aucune preuve formelle ne permet d’expliquer avec exactitude comment tout a commencé. Des chercheurs ont toutefois établi que le virus ne provient pas directement du pangolin.
Le 20 décembre, la Chine recensait une soixantaine de cas, dont la plupart (les deux tiers) avaient fréquenté le marché de gros de fruits de mer de Huanan (à Wuhan), le plus grand marché de Chine centrale, situé à proximité de la gare de Hankou (ce qui a sans doute favorisé la propagation du virus). Outre les fruits de mer, ce marché était connu pour ses ventes de viande d’animaux « exotiques » — que l’on soupçonne comme étant vecteurs potentiels de virus. Mais selon une étude menée à l’hôpital de Wuhan, le tout premier cas n’a pas fréquenté ce marché. Ce n’était donc finalement pas le point de départ de l’épidémie…
Pour parvenir à identifier le patient zéro, une équipe de chercheurs chinois, dirigée par Xingguang Li, a entrepris d’analyser une série de 70 échantillons de souches de SARS-CoV-2, issues d’Asie, d’Australie, d’Europe et des États-Unis, prélevés entre le 24 décembre 2019 et le 3 février 2020. La datation moléculaire des différents échantillons a permis de retracer l’évolution chronologique du virus : il s’avère qu’il serait apparu au mois de novembre.
La chauve-souris, une hôte connue des coronavirus
Les analyses génomiques ont démontré que SARS-CoV-2 fait partie des Betacoronavirus et affiche une grande similitude avec le SARS-CoV (2003-2003). Ce dernier est à l’origine d’une épidémie de pneumonie aiguë qui s’est déclarée dans la province chinoise de Guangdong en novembre 2002. La « coupable » était une chauve-souris, du genre des Rhinolophus, qui a servi de réservoir au virus ; autrement dit, elle a hébergé le virus en elle, mais son système immunitaire a bloqué la prolifération virale et elle n’a donc développé aucun symptôme.
La civette des palmiers – petit mammifère que l’on trouve dans les forêts tropicales asiatiques – a ensuite pris le relais, servant d’hôte intermédiaire entre les chauves-souris et l’être humain. La maladie s’était alors rapidement propagée à travers une trentaine de pays, infectant plus de 8000 personnes et causant près de 800 décès avant d’être maîtrisée.
Plusieurs Betacoronavirus ont été découverts depuis lors, tant chez les chauves-souris que chez l’Homme. Ainsi, le RaTG13, issu d’une chauve-souris de l’espèce Rhinolophus affinis, présente une séquence génomique identique à 96% à celle du SARS-CoV-2. Ces chauves-souris pourraient donc très vraisemblablement servir de réservoirs aux virus SARS-CoV et SARS-CoV-2. Reste à trouver l’hôte intermédiaire qui a servi de passerelle au virus pour infecter l’humain (comme dans le cas du SARS-CoV, du MERS-CoV et bien d’autres coronavirus).
Une passerelle vers l’Homme
Début février, un nouvel accusé fait son entrée : le pangolin, un mammifère très utilisé en médecine traditionnelle chinoise. Des scientifiques ont découvert dans l’animal un coronavirus dont la séquence génétique est cette fois identique à 99% avec celle du SARS-CoV-2. Ce qui fait de l’animal un coupable tout désigné, du moins plus suspect que la chauve-souris…
Si le coronavirus trouvé chez le pangolin est similaire à 99% au virus du COVID-19, cette grande similitude est en réalité localisée dans une région spécifique de la protéine S (la protéine de pointe du SARS-CoV-2), qui permet au virus de pénétrer dans les cellules humaines. Le virus RaTG13 issu de la chauve-souris ne présente quant à lui que 77% de similitude dans cette région spécifique.
En considérant plusieurs échantillons de virus de pangolin, l’équipe de X. Li est toutefois parvenue à la conclusion qu’il n’était finalement pas si proche du SARS-CoV-2 considéré dans son ensemble, et que celui de la chauve-souris était bien plus similaire. Au final, la comparaison des différentes séquences génomiques révèle que le SARS-CoV-2 serait en réalité une combinaison de deux virus : l’un proche du RaTG13, l’autre similaire au coronavirus du pangolin.
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Une telle recombinaison est relativement fréquente chez les coronavirus et n’est possible que si les deux virus incriminés infectent le même organisme simultanément. Le processus conduit malheureusement à un nouveau virus potentiellement capable d’infecter une nouvelle espèce hôte, telle que l’Homme. Xingguang Li et son équipe doivent à présent déterminer dans quel organisme a eu lieu la recombinaison et dans quelles conditions elle s’est déroulée.