Pader Pio byl vzorem respektu a poslušnosti ke svým náboženským a církevním představeným, zvláště během časů, kdy byl perzekuován. Přesto nemohl zůstat zticha ohledně odchylky zhoubné pro Církev. Ještě před koncem koncilu v únoru 1965 mu někdo oznámil, že brzy bude muset celebrovat mši svatou podle nového ritu, ad experimentum, v národním jazyce, což bylo vymyšleno koncilovou liturgickou komisí, aby se reagovalo na potřeby moderního člověka. Okamžitě, aniž by viděl text, napsal Pavlu VI, aby ho požádal o udělení výjimky z liturgického experimentu, a aby mohl pokračovat v celebrování mše svaté svatého Pia V. Když ho přišel kardinál Bacci navštívit, aby mu donesl potvrzení, Padre Piovi unikla stížnost v přítomnosti papežova posla: „Pro všechno na světě, ukončete rychle ten koncil.“