11 października 1962 roku Jan XXIII otworzył Sobór Watykański II. W mowie inauguracyjnej potępił pesymizm tych, którzy w życiu współczesnym dostrzegają jedynie upadek obyczajów oraz “tych proroków nieszczęścia, którzy zawsze głoszą to co najgorsze niemal jakby zbliżał się koniec świata.” Gdy A. Roncalli mówił te słowa trwał w najlepsze, a raczej najgorsze tzw. kryzys kubański, zbliżając się do swego apogeum. Dokładnie miesiąc wcześniej Sowieci zapowiedzieli że jakikolwiek atak USA wymierzony w Kubę bądź płynące na nią sowieckie statki zaopatrzeniowe oznacza wojnę.
Dzień po uroczystym otwarciu soboru, 12 października w Rzymie pojawili się dwaj obserwatorzy ze strony moskiewskiej Cerkwi – Witalij Borowoj oraz Władimir Kotljarow, wyrażając wdzięczność wobec kard. Bei i Jana XXIII za brak odniesienia się do komunizmu w mowie inauguracyjnej oraz serdeczne przyjęcie. Moskiewska Litieraturnaja Gazieta pogratulowała Janowi XXIII realizmu. W służbach specjalnych PRL skwitowano przemówienie Roncallego że “pozbawione było ducha krucjaty”.
20 października Mieczysław Moczar otrzymał z Rzymu szyfrogram stwierdzający m.in. (za S. Cenckiewicz: Oczami bezpieki…): “Osobą, która ma największy wpływ na papieża (pisze prawie wszystkie przemówienia) jest monsgr. Capovilla, młody człowiek, nastawiony nieprzyjaźnie do Kurii Rzymskiej. Działa on razem z kardynałem Montinim, człowiekiem o tendencjach postępowych i ogromnie ambitnym.” Już 20 października ukraiński arcybiskup Winnipeg w Kanadzie – Maksym Hermaniuk zaapelował o wydanie oświadczenia w obronie Kościoła milczącego. 23 października odbyło się zebranie biskupów francuskich w Saint-Louis, na którym kardynał Maurice Feltin, arcybiskup Paryża poinformował że Jan XXIII nie życzy sobie w ich wypowiedziach odniesień politycznych, w tym wypowiedzi o komunizmie. Zablokowano umieszczenie w posłaniu do świata O pokój i miłość braterską akcentów antykomunistycznych. Kard. B. Alfrink oświadczał że sprzeciwia się “jakiejkolwiek formie potępienia komunizmu”. 30 października miała miejsce słynna scena z wyłączeniem mikrofonu kard. Ottavianiemu. 22 listopada 1962 roku, po interwencji biskupów kanadyjskich Jan XXIII dał przyzwolenie na atak tzw. grupy reńskiej na schemat o objawieniu, co uznano za naruszenie legalności Soboru.
W listopadzie też Jan XXIII przyjął na audiencji grupę 28 buddyjskich mnichów Japonii jadących świętować 70-rocznicę buddyzmu w USA (thecatholicnewsarchive.org/crra?a=d&d=TPC19621122-01.1.1). Jak powiedział im modli się za to aby wiara w braterstwo ludzkie i godność synów Bożych wzrastała w ich sercach. 19 grudnia 1962 Jan XXIII otrzymał własnoręcznie napisaną przez Chruszczowa kartkę z życzeniami świątecznymi. 22 grudnia ambasada sowiecka w Rzymie otrzymała życzliwą odpowiedź papieża.
W styczniu roku 1963 czasopismo francuskiej partii komunistycznej France Nouvelle pochwaliło się:
“Ponieważ światowy system socjalistyczny wykazuje niezbicie swoją wyższość i ma za sobą poparcie setek milionów ludzi, Kościół nie może już dłużej trwać w zapiekłym antykomunizmie. Zresztą w ramach swego dialogu (…) zobowiązał się on, że na Soborze powstrzyma się od bezpośrednich ataków na ustrój komunistyczny.”
Na zmiany w Kościele z satysfakcją patrzyły komunistyczne służby specjalne. W lutym 1963 Departament Kadr i Szkolenia MSW przygotował opracowanie: Niektóre problemy związane z Drugim Soborem Watykańskim, z którego fragment cytuję za S. Cenckiewiczem (Oczami bezpieki…): “Jan XXIII, oceniając dotychczasową politykę Watykanu, doszedł do wniosku, że polityka najbardziej reakcyjnych sił kurii rzymskiej powoduje odchodzenie coraz szerszych warstw społecznych od kościoła rzymskiego. Zaistniała więc potrzeba dokonania rewizji taktyki prowadzonej przez kościół w polityce międzynarodowej, jak również rewizji szeregu tradycyjnych schematów i reguł obowiązujących duchownych i świeckich katolików.” W Biuletynie nr VI przygotowanym w styczniu 1963 roku na podstawie materiałów agenturalnych z Watykanu pisano: “Zaskoczenie, jakim w dużym stopniu stał się dla nas wstępny okres prac soborowych, spowodowane było głównie daleko idącą nieznajomością przemian zachodzących w Watykanie (…) Sens obecnego Soboru polega właśnie na uświadomieniu sobie przez kościół katolicki, że może on odegrać rolę protagonisty we współczesnym świecie – o ile się odpowiednio przestawi. I dlatego też kościół zdecydowany jest pogodzić się ze współczesnym światem (…), próbuje zerwać z katastroficzną filozofią wiecznego potępienia (…), rozmyśla nad kompromisem (…) z innymi kościołami chrześcijańskimi i w niektórych wypadkach zmienia swój język.” Bezpieka odnotowała także wyzwalanie się polskich uczestników Soboru spod dominacji kard. Wyszyńskiego oraz otwarte przeciwstawianie się Wyszyńskiemu przez bp Wojtyłę. Z zadowoleniem przyjęła także brak powodzenia Wyszyńskiego w staraniach o ogłoszenie na Soborze dogmatu o Najświętszej Marii Pannie jako pośredniczce wszystkich łask. W październiku 1963 roku służby specjalne PRL przeprowadziły akcję polegającą na rozsyłaniu do wybranych uczestników soboru oraz duchownych obłudnego dokumentu w języku łacińskim, francuskim i włoskim o “wynaturzeniach” kultu maryjnego proponowanego przez kard. Wyszyńskiego, piętnującego “zacofany” polski katolicyzm. Rozdawano go także na placu św. Piotra oraz stolicach państw zachodnich. 6 lutego 1963 roku Moskwa zwolniła przebywającego w łagrach Syberii od roku 1945 arcybiskupa Slipyja, który miał udać się na stałe do Rzymu. Było to wygodne dla obu stron porozumienia z Metzu, gdyż część ojców soborowych żądała wyraźnego, antykomunistycznego apelu o jego uwolnienie.
1 marca 1963 roku ogłoszono przyznanie Janowi XXIII nagrody Fundacji Balzana za działanie na rzecz pokoju, braterstwa i porozumienia między narodami. Aprobatę i gratulacje wyraził m.in. przedstawiciel N. Chruszczowa. 7 marca ceremonia związana z nagrodą odbyła się w Watykanie. Przy okazji doszło do prywatnej audiencji u papieża zięcia Nikity Chruszczowa – Aleksieja Adżubeja, redaktora naczelnego moskiewskich Izwiestii. Wzruszony Adżubej oświadczył (cyt. za J. Mackiewicz: W cieniu Krzyża…): “Byłem i pozostanę ateistą. Ale papież wypowiada pragnienie, aby panował pokój i porozumienie. Nie możemy ignorować tych wezwań. Dlatego mój teść, pierwszy sekretarz partii komunistycznej, przesyła Janowi XXIII życzenia.”
11 kwietnia roku 1963 ogłoszona została encyklika Pacem in terris. Jan XXIII zwiastował pokój między wszystkimi narodami. W tekście wskazano: “Postęp (…) w zakresie wiedzy i wynalazków technicznych ukazuje przede wszystkim nieskończoną wielkość Boga, który stworzył i wszechświat, i samego człowieka. Jakże bardzo sprzeczne z (…) najdoskonalszym porządkiem wszechświata są tarcia tak między poszczególnymi ludźmi, jak i między narodami, jak gdyby stosunki wiążące je między sobą mogły być podtrzymane wyłącznie siłą (…)Pragniemy gorąco, aby Organizacja Narodów Zjednoczonych umiała coraz lepiej przystosowywać swą strukturę i posiadane środki do wielkości swych zaszczytnych zadań. Oby jak najszybciej nadszedł czas, kiedy ta Organizacja będzie w stanie bronić skutecznie praw ludzkiej osoby, które wypływając bezpośrednio z godności osoby człowieka – są powszechne, nienaruszalne i niezmienne (….) Pierwszym postulatem dotyczącym prawnego ustroju państw jest w naszych czasach skodyfikowanie w zwięzłej i jasnej formie podstawowych praw człowieka, które powinny stanowić osnowę całego ustroju państwowego “. W encyklice wyłożono też nowe zasady nowej polityki współpracy katolików z “ludźmi, stojącymi z dala od wiary chrześcijańskiej, lecz kierującymi się rozumem i odznaczającymi się naturalną prawością postępowania” obejmujące m.in.: “postawę pełną obiektywnej życzliwości dla poglądów innych“, uznanie godności “człowieka żyjącego w błędzie” oraz obcowanie z nimi albowiem “ten, kto dzisiaj nie rozumie wiary czy też ulega błędnym poglądom, może później, oświecony światłem Bożym, opowiedzieć się za prawdą“, nakaz by “odróżniać wyraźnie od błędnych teorii filozoficznych na temat istoty, pochodzenia i celu świata czy człowieka, poczynania odnoszące się do spraw gospodarczych i społecznych, kulturalnych czy też ustrojowych, nawet jeśli tego rodzaju poczynania wywodzą się z tych teorii i z nich czerpią natchnienie“. W rezultacie, jak wskazywał A. Roncalli może zdarzyć się że “pewne prace zespołowe, dotyczące problemów praktycznych, które uważano dawniej za zupełnie bezcelowe, ocenia się teraz jako rzeczywiście owocne, czy to już obecnie, czy też w przyszłości” albowiem “w naturze z konieczności wszystko rozwija się stopniowo“, przy czym pominięto że zmiany wprowadzone przez rewolucję są z istoty naturze przeciwne. Kilkanaście dni później, 28 kwietnia włoscy komuniści odnieśli sukces w wyborach, zaś 1 maja kilka tysięcy komunistów w pochodzie z czerwonymi flagami przeszło na plac świętego Piotra, wiwatując na cześć Jana XXIII. Moskwa przetłumaczyła papieską encyklikę na język rosyjski i rozpowszechniała, rozgłaszając że odwołuje ona Divini Redemptoris Piusa XI.
W kwietniu 1963 roku w podróże na Węgry, a potem do Polski udał się wiedeński kard. Koenig. W maju roku 1963 w towarzyszącą Soborowi dyplomację watykańską wobec krajów rządzonych przez komunistów zaangażowała się nowa postać, która miała stać się wkrótce uosobieniem nowej Ostpolitik – pracujący od roku 1961 w sekretariacie stanu, ks. Agostino Casaroli, przybywając do Budapesztu, a potem Pragi. Gesty Moskwy, mające upewnić Watykan w słuszności postępowania, obejmowały uwolnienie internowanych duchownych i zezwolenie na wyjazd biskupów na sobór. Wiosna soboru wydawała się rozkwitać, przynajmniej w krajach za “żelazną kurtyną”.
3 czerwca 1963 roku “dobry papież” Jan zmarł. Kondolencje do Watykanu przesłali przedstawiciele rządów państw oraz środowisk żydowskich i masońskich. Żydzi włoscy w oświadczeniu prasowym oświadczyli że śmierć papieża była “wielką stratą dla całej ludzkości (…) Oczy rodzaju ludzkiego, zwłaszcza Żydów, były na niego zwrócone z nadzieją że jego dzieło okaże się owocne” (Jews in Many Countries Mourn Death of Pope John Xxiii - Jewish Telegraphic Agency). Żydzi amerykańscy oświadczyli że papież był jednym z najgorętszych przyjaciół jakich Żydzi kiedykolwiek mieli w Watykanie, był “wielkim duchowym przywódcą”, a pamięć o nim i jego dziełach “na długo przetrwa jako inspiracja dla nieśmiertelnych zmagań człowieka o pokój i sprawiedliwość”. Oświadczenie AJC wskazywało że “żydowska historia nagrodzi papieża Jana jako ‘jednego ze sprawiedliwych wśród narodów świata, który zasłużył sobie na miejsce w przyszłym świecie'”. Przewodniczący B’nai B’rith w depeszy do Watykanu zawiadomił sekretarza stanu o “głębokim smutku” kierowanej przez siebie organizacji, dodając m.in.: “Świat stracił mądrego i energicznego rzecznika ludzkiej dobroci. Jego duchowe i moralne przywództwo przekraczało granice religii i zostanie zapamiętany przez niekatolicką społeczność za swą współczującą troskę o godność i wolność człowieka oraz pozytywne próby popierania pokoju i sprawiedliwości społecznej pośród narodów.” (American Jews Mourn Death of Pope John Xxiii; Leaders Express Grief - Jewish Telegraphic Agency). Masoni meksykańscy w kondolencjach prasowych z 4 czerwca 1963 roku, wyrazili smutek z powodu “odejścia tego wielkiego człowieka, który zrewolucjonizował idee, myśli i formy rzymskokatolickiej liturgii” (traditioninaction.org/ProgressivistDoc/Images 101-200/145_Masons-J23.jpg). Nikita Chruszczow w depeszy z Moskwy napisał: “zachowujemy w dobrej pamięci Jana XXIII, którego owocna działalność dla utrzymania i skonsolidowania Pokoju jest ogólnie znana i budzi szacunek wśród wszystkich miłujących pokój narodów” (cyt. za J. Mackiewicz: W cieniu Krzyża…). Hołdy papieżowi Roncallemu oddawano także w Polskiej Rzeczypospolitej Ludowej. W roku 1968 władze PRL zdobyły się na pozorne kuriozum – ufundowały z wdzięczności “papieżowi pokoju” pomnik w polskim Wrocławiu z inskrypcją: Pacem in terris. Do samego roku 1970, a zatem w ciągu 7 lat od śmieci Jana XXIII, w PRL, nakładem wydawnictwa Paxu, ukazało się aż pięć wydań biografii autorstwa Aldena Hatcha: Człowiek imieniem Jan. W roku 1978 Jan XXIII na 22 lata przed ogłoszeniem beatyfikacji przez Jana Pawła II miał trafić pod datą 3 czerwca do kalendarza liturgicznego amerykańskich luteran (ELCA).
Powszechnie wskazywano że Jan XXIII był papieżem przejściowym. Obok zwołania soboru, zapisał się jeszcze jednym ważnym osiągnięciem – przekroczył tradycyjną, ogólną liczbę kardynałów ustaloną przez papieża Sykstusa w roku 1586 (70). Podczas pięciu konsystorzy mianował 52 kardynałów, zwiększając liczbę w kolegium do 75. Jego następca miał dojść do liczby 103, ogłaszając w ciągu 15 lat pontyfikatu 143 nominacje kardynalskie.
Jan XXIII i dwaj agenci moskiewscy pod legendą duchownych schizmatyckich, w zamian za obecność których na "soborze" zgodzono się na przemilczenie kwestii komunizmu
SWII to największy dramat w dziejach Kościoła. Liczba wiernych w kościołach ,,po kowidzie,, zmniejszyła się o połowę. Z tego co się orientuję kapłani mają problemy finansowe.
