Certains, comme les protestants tel Philip Schaff, par exemple et les gallicans, évoquent le cas du pape Honorius Ier comme preuve que le dogme de l'infaillibilité ne peut être fondé ou que l'infaillibilité du Pape n'est limitée qu'aux cas de définitions solennelles. En effet, celui-ci subit l'anathème au Concile de Constantinople III, décision confirmée par le pape Léon II.

Selon le chanoine Adolphe-Charles Peltier : « Une des objections les plus rebattues contre l'infaillibilité pontificale est assurément celle qu'on prétend tirer de la faute d'Honorius et de sa condamnation par le sixième concile œcuménique. Cependant de quoi s'agit-il ? D'une faute personnelle, qui était plutôt une erreur dans la conduite, qu'une erreur dans la foi. Les lettres qui nous restent de ce pape démontrent en effet qu'il n'admettait pas une seule volonté en Jésus-Christ à la manière des monothélites, mais uniquement en ce sens qu'il ne saurait y avoir dans le Fils de Dieu deux volontés contraires. Comment d'ailleurs le pape Agathon aurait-il pu prescrire à ses légats, comme il l'écrivit à l'empereur, de s'en tenir simplement à la tradition reçue de ses prédécesseurs, si cette tradition avait été rompue par Honorius quelques années seulement avant lui ? Aussi Noël Alexandre, quoique partisan des opinions gallicanes, ne fait-il pas difficulté de reconnaître ingénument que le pape Honorius n'a point enseigné l'hérésie ».

Le Concile de Vatican I a affirmé dans sa constitution dogmatique Pastor Æternus que « le Siège suprême est toujours demeuré pur de toute erreur ».

Dom Guéranger considère qu'Honorius n'était pas hérétique mais qu'il a simplement voulu être trop conciliant et a manqué de zèle à combattre une hérésie. Dom Guéranger considère que le concile Constantinople III inscrivit le pape Honorius « seulement parmi ceux qui, tout en demeurant orthodoxes dans leur pensée et dans leurs écrits, ont le tort d'exposer la sûreté de la foi par leur silence, lorsque leur devoir est de la proclamer et de la défendre. Le Saint-Siège adhéra avec la précision romaine à cette sévère sentence ; mais il était si évident qu'Honorius n'avait pas enseigné l'Église dans cette lettre particulière, où il cherchait même à écarter toute idée d'une définition comme intempestive, qu'il a fallu être au temps de la controverse gallicane, pour qu'un argument tel quel ait surgi de là contre l'infaillibilité du Pontife romain. »

En 1873, Louis-Nazaire Bégin, à l'époque encore abbé, considère qu'Honorius n'était pas hérétique.

Selon le Denzinger, le pape Jean IV, environ 40 ans avant la condamnation d'Honorius à Constantinople III, considèrait qu'Honorius « de sainte mémoire » n'a pas enseigné l'hérésie. En effet, Jean IV considère « qu’il apparaît… qu’il (le pape Honorius) a écrit (à Serge), à savoir que dans notre Sauveur il n’y a d’aucune manière deux volontés opposées » mais qu'Honorius « ne parle que de la nature humaine et non pas également de la nature divine... celui qui en débat doit savoir qu'il s'agit d'une réponse donnée à une question dudit patriarche. » Pour Jean IV, Honorius « disait donc, dans son enseignement sur le mystère de l’Incarnation du Christ, qu’il n’a pas existé en lui, comme en nous pécheurs, deux volontés contraires, de l’esprit et de la chair. Ce que certains ont retourné en leur propre conception, et ils ont pensé qu’il aurait enseigné une seule volonté de sa divinité et de son humanité, ce qui est totalement contraire à la vérité. »

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Pape Honorius 1er et Jean XXII condamné pour hérés…

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