Jak pisze biskup Tissier de Mallerais w swojej biografii Abp Lefebvre biskupi francuscy bardzo starali się aby pozostający wiele lat poza Europą i nie czujący zeitgeista Metropolita Dakaru nie otrzymał żadnej poważnej francuskiej diecezji. Gdy biskup Maury jeszcze przed formalną rezygnacją Arcybiskupa zaproponował by powierzyć mu wakującą Metropolię Albi, w grudniu 1961 roku pospiesznie obsadzono tę archidiecezję. Pozostała nieobsadzona niewielka diecezja Tulle w Bas-Limousin licząca nieco ponad 200 tysięcy dusz i 240 kapłanów, której biskup Amabile Chassaigne zrezygnował w październiku 1961 po poważnym uszczerbku na zdrowiu w wypadku samochodowym. Diecezja nie posiadała własnego seminarium, które zamknięto kilka lat wcześniej. Swój powrót do Francji Arcybiskup zaznaczył opublikowanym w prasie listem w obronie stowarzyszenia Cite Catholique atakowanego przez progresywnych jezuitów z La Croix. Jak wskazywał były metropolita Dakaru Cite Catholique było atakowane za niezgadzanie się na wizję dorastania katolickich dzieci „w klimacie materializmu, sekularyzmu i ateizmu (…) Podczas gdy ta atmosfera rujnuje ducha nadprzyrodzonego – ducha modlitwy i wyrzeczenia oraz w konsekwencji narodziny powołań kapłańskich, chcą byście przestali rechrystianizować społeczeństwo”. Publikacja wywołała spory rozgłos – trzej biskupi francuscy poparli abp Lefebvre’a, inni – w tym kard. Lienart byli przeciwni. Katolicy francuscy zaniepokojeni obrotem spraw w kraju i postępowymi tendencjami wśród biskupów zaczęli spoglądać na Abp Lefebvre jako znak nadziei. Sam Watykan Jana XXIII 10 maja 1962 zapewnił La Croix o „ojcowskim zaufaniu” papieża wobec tego pisma. Trzy dni wcześniej, podczas prywatnej audiencji Papież Roncalli radził Arcybiskupowi by był ostrożniejszy i nie deklarował się tak otwarcie jako „konserwatysta”. Jednocześnie episkopat francuski odmówił Abp Lefebvre obecności na zebraniach Kardynałów i Arcybiskupów (ACA), co zakomunikował mu sam kard. Lienart. Natomiast Abp Lefebvre zwrócił uwagę Abp Guerryemu z ACA, że Konferencja nie ma żadnego umocowania prawnego i bez podstaw próbuje ograniczyć jurysdykcję i władzę biskupów. Niechętnie spoglądał również na Arcybiskupa rząd prezydenta de Gaulle’a, który w związku z ruchem OAS na rzecz francuskiej Algierii obawiał się wzrostu nastrojów „konserwatywno-prawicowych” w kraju. W Tulle, w więzieniu przebywało wówczas kilkunastu oficerów wyższej rangi odpowiedzialnych za usiłowanie puczu w Algierze na wiosnę 1961 roku. Abp Lefebvre postanowił odwiedzić więźniów, lecz uzyskanie zgody ze strony władz francuskich przewleczono tak długo, że nadeszła gdy Arcybiskup opuścił swoją diecezję. 17 maja 1962 roku odwiedzający Tulle de Gaulle spotkał się z Abp Lefebvrem a po tym spotkaniu w prasie ukazał się komunikat że Pałac Elizejski nie będzie popierał uczestnictwa Abp Lefebvre w Konferencji Kardynałów i Arcybiskupów Francji. 26 lipca 1962 roku sytuacja Abp Lefebvre się zmieniła – kapituła generalna duchaczy wybrała go nowym przełożonym generalnym zgromadzenia, co zatwierdził Watykan. 17 sierpnia Arcybiskup zorganizował pożegnanie z diecezją i następnego dnia wyjechał do Paryża. Jak wspomniano wcześniej Arcybiskup uczestniczył w pracach Centralnej Komisji Przygotowawczej Vaticanum II. Już podczas jej prac zaznaczały się dwa wyraźne stronnictwa: „rzymskie” - tradycyjne z kard. Ottavianim na czele i liberalne skupione m.in. przy powołanym Sekretariacie ds. Jedności Chrześcijańskiej kard. Bea, który m.in. próbował już na etapie przed otwarciem Vaticanum II (czerwiec 1962) forsować projekt o wolności religijnej oraz krytykował „scholastyczny” język schematów przygotowanych pod kierownictwem kard. Ottavianiego. Sam Arcybiskup Lefebvre był zwolennikiem potępienia na soborze współczesnych błędów oraz potwierdzenia tradycyjnego nauczania o Kościele jako jedynej arce zbawienia, co otwarcie (styczeń 1962) proponował. Występował też aktywnie na innych spotkaniach Komisji. Kard. Masella w styczniu 1962 roku zaproponował schemat zawierający pomysł małżeństw diakonów, co Arcybiskup Lefebvre uznał za krok na drodze do eliminacji celibatu kapłanów. Na wiosnę 1962 przedstawiono schemat o liturgii autorstwa Hannibaala Bugniniego zakładający „reformę” całej liturgii. Arcybiskup Lefebvre zwracał uwagę na brak uwzględnienia w schemacie tego że liturgia jest przede wszystkim aktem kultu Bożego oraz sprzeciwiał się rozszerzeniu używania języków ludowych i zwiększenia roli czytań w Mszy. Ostatecznie zgadzał się na reformę Mszy Katechumenów ale z zastrzeżeniami. Występował również z pozycji swego długoletniego misjonarskiego doświadczenia przeciwko regionalizacji i lokalizacji liturgii w krajach misyjnych, co w jego ocenie zniszczyłoby jedność rytu. Jak wskazywał wierni w krajach afrykańskich znali śpiewane łacińskie teksty stałe Mszy i rozumieli że łacina jest znakiem jedności Wiary. W czerwcu przestrzegał przed niezależnym świeckim „apostolatem” na wzór protestancki. 19 czerwca doszło do wspomnianego już starcia schematu O Kościele przygotowanego przez kard. Ottavianiego z rozdziałem o tolerancji ze schematem przygotowanym przez kard. Beę zatytułowanym wprost O wolności religijnej, który Abp Lefebvre oceniał jako próbę wprowadzenia do Kościoła liberalizmu, idei Rewolucji Francuskiej oraz deklaracji praw człowieka. Kard. Ottaviani otwarcie skrytykował jako napisany by „zadowolić niekatolików” projekt kard. Bei, którego ten bronił jako mający charakter „ekumeniczny”. Arcybiskup głosował oczywiście przeciw temu schematowi, wskazując że jest oparty na fałszywych przesłankach, uroczyście potępionych przez Kościół oraz prowadzi do zaprzestania głoszenia Chrystusa. Głosował za schematem kard. Ottavianiego, zwracając jednak uwagę że zabrakło mu wyraźnego odniesienia do społecznego panowania Chrystusa Króla zgodnie z nauczaniem encykliki Quas Primas Piusa X. Ostatecznie po głosowaniu postanowiono przedstawić sprawę Janowi XXIII. Prace Centralnej Komisji Przygotowawczej zakończyły się nazajutrz. Jak podsumował Arcybiskup jej prace: „było jasne dla wszystkich obecnych członków [Komisji], że istnieje wewnątrz Kościoła podział. Nie powstał przez przypadek i nie był powierzchowny. Był to głęboki podział, głębszy między kardynałami niż między arcybiskupami czy biskupami”. Po jednej stronie znaleźli się progresywni kardynałowie Lienart, Frings (z „nadwornym” teologiem młodym J. Ratzingerem), Alfrink, Doepfner, Koenig i Leger, po drugiej kard. Ottaviani, Siri, Ruffini, Larraona i Browne. Podczas Vaticanum II Arcybiskup Lefebvre miał się zatem znaleźć w przeciwnym obozie niż „nowi teolodzy” de Lubac i Congar oraz ich protegowany Karol Wojtyła. 11 października 1962 roku zajął miejsce w soborowej auli, w Bazylice Św. Piotra. Było to dla niego na pewno ważne wydarzenie – traktował je jako świadek i uczestnik soboru powszechnego. Jednak już przemówienie otwierające Jana XXIII wskazujące na konieczność całkowitej izolacji „proroków nieszczęścia”, którzy uważają że „współczesne społeczeństwo prowadzi jedynie do ruiny i klęski”, zwiastowało zmiany. Depozyt wiary odkładano na bok i zajmowano się „stylem przedstawiania, który jest szczególnie duszpasterski”. Już 20 października 1962 roku Abp Lefebvre zmuszony był w swej interwencji oponować przeciw naturalistycznemu projektowi „Przesłania do wszystkich ludzi”. Jak wskazywał „jest dla mnie całkowicie jasne, że przesłanie to było inspirowane koncepcją religii całkowicie zorientowanej na człowieka a w człowieku – na doczesne korzyści w szczególności, poszukując motywu, który zjednoczy wszystkich ludzi, ateistów i ludzi różnych religii – motywu z konieczności utopijnego i liberalnego w duchu”. Wywrócenie proponowanych kandydatur do komisji soborowych (49 % miejsc obsadzili nadreńscy progresiści) oraz zmiana przez Jana XXIII pod presją m.in. kard. Bei zasad wetowania schematów przygotowanych przed soborem stanowiły znak jeszcze gorszych rzeczy. 30 października doszło do pamiętnej sceny z wyłączeniem kard. Ottavianiemu podczas przemowy mikrofonu na polecenie kard. Alfrinka. Jak wspominał po latach (1987) Arcybiskup: „Kiedy nadszedł Sobór stało się nieomal konieczne by przestać myśleć o społecznym panowaniu naszego Pana tak by wszystkie religie mogły cieszyć się wolnością wyrażania się w liberalnym i ekumenicznym duchu. Oczywiście nie mogłem tego zaakceptować! To co mnie zdumiewa, to że z tych, którzy byli ze mną w Seminarium i którzy również zostali biskupami wielu to zaakceptowało (…) Dawali wspaniałe wykłady w Seminarium, które były legendarne. Jednak, gdy zostali mianowani biskupami we Francji zostali przerobieni. Sprzedali się całkowicie liberalizmowi i liberalnym tezom. To godne pożałowania. To jedna z najsmutniejszych rzeczy w moim życiu.” Arcybiskup spotkał się zresztą z krytyką swoich wystąpień w auli ze strony francuskich kolegów, także tych należących do zgromadzenia duchaczy, któremu przewodził. Arcybiskup Lefebvre nie próżnował jednak – już podczas pierwszej sesji porozumiał się z pragnącymi zachować tradycyjne nauczanie Kościoła biskupami – wśród nich ordynariuszem Campos w Brazylii Antonim de Castro Mayerem oraz kolejnym biskupem brazylijskim – Geraldem De Proenca Sigaudem. W kwietniu 1963 roku biskup Sigaud zaproponował stworzenie grupy roboczej na kolejną sesję Vaticanum II. Do współpracy pozyskano m.in. benedyktynów ze sławnego opactwa Solesmes z opatem Janem Prou na czele. Dwuznaczności schematów, nad którymi pracowano, bardzo go raziły. Jako antidotum zaproponował 1 grudnia by podzielić teksty na precyzyjną część dogmatyczną do użytku duchowieństwa oraz część „duszpasterską” przeznaczoną dla zwykłych ludzi. 3 czerwca 1963 roku Jan XXIII zmarł a nowy papież – kardynał Montini – Paweł VI miał podejście jeszcze bardziej progresywne. Przyznał też znaczne uprawnienia w zakresie prowadzenia obrad czterem Kardynałom – moderatorom: Doepfnerowi, Suenensowi, Lercaro i Agagianianowi, z których trzech miało podejście progresywne a czwarty był wyjątkowo ustępliwym człowiekiem. W październiku 1963 roku rozpoczęła się druga sesja, rozpoczęły się także spotkania grupy Abp Lefebvre, w której uczestniczyło kilkunastu „ojców soborowych” oraz benedyktyni z Solesmes. Przewodniczył Abp Lefebvre, Bp Sigaud został sekretarzem. Kolejnych uczestników pozyskiwano stopniowo – po wystąpieniu Bp Sigauda przeciw wprowadzeniu kolegializmu do schematu o Kościele, dołączył do nich włoski Biskup, znany teolog Ludwik Carli, który podczas obrad występował m.in. przeciw pomysłom lobby żydowskiego transmitowanym do auli św. Piotra przez kard. Beę w kwestii zwolnienia żydów z odpowiedzialności za zabicie Chrystusa. Z utworzonym w ten sposób zespołem roboczym stale współpracowali benedyktyni z Solesmes, którzy gościli również trzykrotnie sesje badawcze grupy (styczeń 1964, lipiec 1964, lipiec 1965). Przy pomocy zakonników przygotowano kompendium dotyczące eklezjologii, mariologii oraz materiały dotyczące ekumenizmu i wolności religijnej, której zamierzano nadać znaczenie – wolności wyznawania prawdziwej religii. Powstanie grupy liczącej już wtedy siedmiu biskupów ogłoszono przed trzecią sesją obrad, latem 1964 roku. Dokument z 2 października 1964 roku, rozesłany do „ojców soborowych”, autorstwa Bp Sigauda wskazywał że grupa posiada poparcie kardynałów Santosa, Ruffiniego, Siriego, Browne’a i Larraony. Od listopada 1964 roku grupa zaczęła posługiwać się nazwą Coetus Internationalis Patrum. Główną rolę odgrywali Abp Lefebvre, Biskupi de Castro Mayer, Sigaud i Carli oraz kanadyjski Arcybiskup Cabana i Francuz Bp Morilleau z La Rochelle. Współpracowało z nimi łącznie około 250 biskupów, którym dostarczano materiały drukowane przez grupę. Próbowano zjednoczyć „ojców soborowych” zwłaszcza wokół hasła obrony Romanitas. Coetus w porównaniu z „sojuszem reńskim” powstał zatem stosunkowo późno, miał mniejszy zasięg, mniejsze scentralizowanie (jak wspominał Abp Lefebvre w grupie reńskiej o. Congar potrafił wydawać polecenia biskupom) i znacznie mniejszą siłę oddziaływania na media. Ratowano się współpracą z ks. Ralfem Wiltgenem (późniejszym autorem znanej książki Ren wpada do Tybru), który prowadził katolicki serwis informacyjny. Jeśli chodzi o oddziaływanie na prace Vaticanum II to członkom Coetusa udało zdobyć się poparcie jednej czwartej ogólnej liczby „ojców soborowych” dla poparcia wyraźnego potępienia komunizmu. Inne petycje miały mniejsze poparcie. W ramach Coetusa Arcybiskupowi Lefebvre przypadła główna rola w bataliach przeciwko kolegializmowi, wolności religijnej i na rzecz potępienia komunizmu oraz w obronie tradycyjnych celów małżeństwa. Co do pierwszej kwestii, jak wskazywał w swojej wypowiedzi z 21 stycznia 1964 r., po drugiej sesji Vaticanum II: „dziś oglądamy to samo [co w wypadku dawnych herezji] zjawisko w różnych postaciach: wraz z argumentacją na rzecz wzmocnienia kolegialności, który jest przedstawiany jako dogmatyczny oraz krytyką Kurii Rzymskiej, zwłaszcza Świętego Oficjum, następuje próba narzucenia papieżowi wybranej, obligatoryjnej rady biskupów posiadającej boskie prawo udziału w jego rządach. Poza Soborem, w prasie i kinie, prowadzona jest kampania krytyki Papiestwa.” Arcybiskup Lefebvre miał zatem bronić papieskiego prymatu, choćby wbrew aktualnemu Papieżowi – Pawłowi VI. Podczas II sesji dwukrotnie przemawiał w tej kwestii. Przed trzecią sesją, 15 lipca 1964 r. w Solesmes podpisano deklarację proszącą Pawła VI by ogłosił Najświętszą Marię Pannę „Matką Kościoła” oraz usunął spod debat sesji wszystkie schematy przeciwne tradycyjnej doktrynie. Piotr, pisano, jest Wikariuszem Chrystusa a nie przewodniczącym Kolegium Apostołów, jak próbowali wywodzić postępowcy. Kolejny list wskazywał niejasności i dwuznaczności w niektórych schematach. 15 września 1964 roku została otwarta trzecia sesja, podczas której pracowano m.in. na schematem o Kościele. W batalii przeciw kolegializmowi Coetus aktywnie wspierał Abp Staffa. 18 października 1964 z inicjatywy kard. Larraony do Pawła VI skierowano memorandum podpisane przez 35 kardynałów i pięciu przełożonych zakonnych, w tym Abp Lefebvre jako przełożonego duchaczy przeciwko nowinkom doktrynalnym. Jak wskazywano w nim: „Schemat [de Ecclesia] zmienia oblicze Kościoła: z monarchicznego Kościół staje się episkopalny i kolegialny (…) Prymat [Piotrowy] zostaje oddzielony lub pozbawiony swego znaczenia (…) służąc jedynie utrzymaniu jedności i braku podziałów hierarchii”. Jako winnych sygnatariusze wskazywali różne grupy nacisku, w tym progresywnych peritich oraz współpracującą z nimi prasę. Paweł VI odpowiedział zirytowany że podejście kardynałów przynosi „szkodliwe konsekwencje”, sprzeciwia się „większości biskupów” i wykazuje „uprzedzenia wobec powodzenia Soboru”. Tymczasem jeden z progresistów opublikował interpretację jaką tekst schematu może otrzymać po zakończeniu Vaticanum II. W wyniku powyższego, na polecenie Pawła VI przed głosowaniem nad schematem de Ecclesia (Lumen gentium) sekretarz generalny Vaticanum II abp Perykles Felici załączył do dokumentu Notam Praeviam (16 listopada 1964 r.) czyli wyjaśnienia w związku ze złożonymi modi. Odwoływała się ona m.in. do deklaracji Komisji Teologicznej z 6 marca 1964 r. wskazującej że „(…) święty Sobór definiuje jako wiążące Kościół jedynie te rzeczy w kwestii wiary i moralności, które otwarcie ogłasza jako wiążące. Reszta rzeczy jakie święty Sobór podaje, o ile stanowią nauczanie najwyższego magisterium Kościoła, powinna być przyjęta i zaakceptowana przez wszystkich wiernych Chrystusowych zgodnie z zamysłem świętego Soboru. Zamysł Soboru ujawnia się albo przez omawianą materię, albo przez sposób przemawiania, zgodnie z normami interpretacji teologicznej”. Dalsza część noty wyjaśnia jak należy wykładać poszczególne passusy Lumen gentium dotyczące kolegialności. W batalii o schemat o Kościele podnoszono też, że w istocie on promuje nową eklezjologię z nową, „de lubakowską” definicją Kościoła Katolickiego jako „sakramentu”, w którym „trwa” Kościół Chrystusowy. Do kwestii tych ustosunkował się na początku III sesji w imieniu Coetusa Bp Carli: „Słowo subsistit jest nie do przyjęcia, albowiem ktoś mógłby uznać, że Kościół Chrystusowi i Kościół Katolicki to dwie odrębne rzeczy a pierwsza jest obecna w drugiej jako podmiocie. Z większą dokładnością powiedzmy po prostu „est” ponieważ tak właśnie mówią źródła” tj. choćby Mystici Corporis Christi i Humani Generis Piusa XII. Komisja Doktrynalna uspokajała że słowo „subsistit”, promowane przez peritusa Ratzingera, jeszcze lepiej pasuje w tym miejscu niż słowo „est” i taka była też ostateczna wersja Lumen Gentium (8). Całkowitym niepowodzeniem zakończyła się batalia o potępienie komunizmu prowadzona aktywnie od roku 1963. W grudniu 1963 roku Arcybiskup Sigaud złożył kard. Cicoganiemu podpisaną przez 213 biskupów petycję o sporządzenie osobnego schematu potępiającego błędy marksizmu, socjalizmu i komunizmu. 3 lutego 1964 Abp Sigaud przekazał bezpośrednio Pawłowi VI kolejną petycję, podpisaną przez 510 „ojców soborowych” proszącą by Papież wraz z biskupami zebranymi w Rzymie konsekrowali Rosję i świat Niepokalanemu Sercu Maryi, zgodnie z treścią objawień jakie miała siostra Łucja dos Santos. Paweł VI uważał najwyraźniej porozumienie Jana XXIII z komunistami z Kremla za wiążące, bo petycję najpierw zignorował a w styczniu 1965 odpowiedział ostatecznie odmownie. Kwestię komunizmu próbowano poruszyć też na jesieni roku 1964 podczas obrad nad schematem XIII – O Kościele w świecie współczesnym (przyszłe Gaudium et spes). Starannie unikano jednak wzmianek o komunizmie. We wrześniu 1965 roku Coetus podjął ostatnią próbę poruszenia tematu komunizmu podczas Vaticanum II – do list z prośbą o potępienie komunizmu podpisanego przez 25 biskupów dołączono petycję z 332 podpisami, których liczba wzrosła ostatecznie do 454. Na początku listopada petycja została złożona w sekretariacie zgromadzenia. Została oczywiście zignorowana (stwierdzono później, że omyłkowo ją przeoczono – dochodzenie w tej sprawi zarządził ten sam kard. Tisserant, który z ramienia Jana XXIII potwierdzał w roku 1962 w Metzu porozumienie z komunistami), nie pomógł też protest i propozycja poprawek biskupa Carliego. Jak wspomniano wyżej Abp Lefebvre próbował też do schematu XIII wprowadzić tradycyjną hierarchię celów małżeństwa. Również bez powodzenia. Na wiosnę roku 1964 Abp Lefebvre zgłosił propozycję poprawki do schematu O źródłach Objawienia wskazującej jednoznacznie, że Tradycja obejmuje również prawdy, które nie są wyraźnie zawarte w Piśmie Świętym. Poprawka przepadła. Niestety tekst Dei Verbum zawierał i inne „bomby zegarowe”, w tym zdanie o „postępie Tradycji”. Latem roku 1964, po pogrzebaniu na jesieni 1963 roku przez progresistów z uwagi na sprzeczność z paradygmatem ekumenizmu idei osobnego schematu maryjnego uznającego tytuł Matki Bożej jako Pośredniczki Wszelkich Łask, Coetus skierował do Pawła VI petycję o ogłoszenie Maryi Matką Kościoła. Ostatecznie Paweł VI, 21 listopada wydał w tej sprawie motu proprio. Największą batalię Arcybiskup Lefebvre stoczył jednak przeciw konikowi anglosaskich i żydowskich masonów tj. wolności religijnej. Już podczas II sesji Vaticanum II dwukrotnie (listopad 1963) występował przeciw fałszywemu ekumenizmowi i fałszywej wolności religijnej opartej na fałszywym pojęciu godności osoby ludzkiej. W pierwszym wypadku odniósł się do błędnej tezy, która ostatecznie znalazła się w par. 3 Unitatis redintegratio tj. że niekatolickie wspólnoty nie są pozbawione znaczenia w tajemnicy zbawienia, gdyż Duch Chrystusa nie wzbrania się używać ich jako środków zbawienia. W swej interwencji Arcybiskup, antycypując późniejsze błędy, wskazywał: „wspólnota o ile jest wspólnotą odłączoną nie może cieszyć się asystencją Ducha Świętego. Może On jedynie działać bezpośrednio na dusze lub używać takich środków, które, jako takie, nie noszą znaku oddzielenia”. Wskazywał również że poszukiwanie elementów „uświęcenia” o heretyków prowadzi do utwierdzania ich w ich błędach, jak również iż nie łączy ich z katolikami nawet Chrzest, który często jest nieważny a w pozostałych wypadkach członkowie takich wspólnot, dochodząc do wieku używania rozumu, odrzucają Wiarę Katolicką a przez to stawiają przeszkodę łasce. Z kolei „fałszywy ekumenizm” wobec schizmatyków wschodnich godzi w prymat Piotrowy, prowadząc do przyjącia że „biskup Rzymu jest jedynie primus inter pares, pierwszy wśród równych”. Jeśli chodzi o godność osoby ludzkiej Arcybiskup mówił: „Z czego naprawdę osoba bierze swą godność? Czerpie ją ze swej doskonałości. A doskonałość osoby ludzkiej polega na poznaniu Prawdy i przyjęciu Dobra. (…) Godność osoby ludzkiej nie polega na wolności oddzielonej od prawdy. W rzeczywistości wolność jest dobra i prawdziwa w takim stopniu w jakim jest podporządkowana prawdzie. ‘Prawda was wyzwoli’ – powiedział nasz Pan (J 8,32). Prawda da wam wolność.” Dzięki poparciu Jana XXIII schemat kard. Bei, który był przedmiotem starcia przed soborem nie przepadł, w przeciwieństwie do schematu kard. Ottavianiego. Włączono go do prac nad schematem o ekumenizmie (co było elementem taktyki, gdyż Bea był przewodniczącym „ekumenicznego” sekretariatu), ale podczas trzeciej sesji (jesień 1964) wyodrębniono go do odrębnego dokumentu. 24 września Abp Lefebvre przemawiał ponownie w auli przeciw fałszywemu pojęciu wolności. Uważał że przyjęcie schematu spowoduje że przyniesie on wielką szkodę a na nieszczęście wielu dusz Prawda Katolicka postawiona na równi z błędnymi wierzeniami nie będzie już miała siły przyciągania. Wobec wyraźnego sprzeciwu „ojców” sekretariat kard. Bei przeredagował tekst a tymczasem abp Felici zażądał 9 października by przekazano go do dalszych prac w nowo utworzonej komisji, w skład której mieli wchodzić m.in. Kard. Browne i Abp Lefebvre. Interwencja środowiska kard. Bei u Pawła VI sprawiła że Abp Lefebvre ostatecznie w komisji nie zasiadł. Jak później skomentował: „byłem jedynym, który został skreślony. Moje interwencje w tej kwestii podczas Soboru i moje członkostwo w Coetusie przeraziły ich”. Komisja zaaprobowała ostatecznie projekt Bei, który wrócił na obrady, gdzie został doszczętnie skrytykowany przez Coetus jako próba przepchnięcia nowego dokumentu pod pozorem rewizji poprzedniego. Ostatecznie projekt spadł zatem z obrad sesji. 11 października 1964 roku Abp Lefebvre, obserwujący rozwój wydarzeń w auli św. Piotra, napisał artykuł pod pełnym rozgoryczenia tytułem: Czy aby pozostać dobrym katolikiem trzeba stać się protestantem? Na prośbę jednego z biskupów nie został on jednak opublikowany przed zakończeniem Vaticanum II, ale dopiero w 1970 roku. Zacytujmy jednak fragmenty tego tekstu jako świadectwa stanowiska abp Lefebvre podczas obrad (tł. własne za zbiorem The Bishop Speaks): „Nie wspominając o niespodziewanych sposobach poprzez jakie ojcowie soborowi zostali postawieni przed różnymi schematami nie mającymi żadnego zakorzenienia w magisterium Kościoła, powinniśmy na następnych stronach powtórzyć jak echo słowo, o którym ojcowie soborowi nie mogą zapomnieć: Caveamus! Strzeżmy się wpływu ducha całkowicie nie do pogodzenia z tym co Papieże Rzymscy i wcześniejsze Sobory niestrudzenie głosiły wśród chrześcijan. To nie jest duch postępu, to jest duch zerwania i samobójstwa. Oświadczenia poczynione w temacie przez część ojców są pouczające. Niektórzy utrzymują że między deklaracjami z przeszłości i tymi autorów schematów nie ma sprzeczności, gdyż okoliczności się zmieniły. To co magisterium Kościoła stwierdziło sto lat temu było wiążące w tamtym czasie, lecz nie jest już ważne dla nas. Inni szukają schronienia w tajemicy Kościoła. Jeszcze inni utrzymują że celem soboru jest zmiana doktryny wcześniejszych soborów (…) Czy jest możliwe odkrycie powodu, przynajmniej pozoru pozwolenia na znalezienie przez te rewolucyjne tezy oficjalnego miejsca na zgromadzeniu soborowym? Uważamy że można go złożyć u drzwi ekumenizmu, który na początku przedstawiał się jako katolicki, lecz w toku sesji rozwinął się w ekumenizm racjonalistyczny. Ten duch niekatolickiego ekumenizmu jest taranem używanym przez tajemnicze dłonie w próbie wypaczenia i wzruszenia doktryny nauczanej przez Kościół od dni Apostołów aż po nasze czasy, doktryny, za którą płynęła krew zastępów męczenników i nadal dziś płynie. Mimo iż wydaje się to niewyobrażalne, jest to faktem. Odtąd historia Kościoła będzie mówiła o tych tezach sprzecznych z doktryną Kościoła, które, pod pretekstem ekumenizmu, zostały przedłożone ojcom Vaticanum II. I tak, we właściwych dla katolicyzmu punktach doktryny nastąpiła próba osłabienia a nawet wyrzucenia wszystkiego co może sprawiać nieprzyjemność prawosławnym i, przede wszystkim, protestantom. (…) W przedmiocie Eucharystii, choć przedmiot nie został potraktowany ex professo, jawią się dwie kwestie jako zmierzające do zmniejszenia czci wobec realnej obecności naszego Pana. W schemacie o Piśmie Świętym Pisma i Eucharystia są stawiane na równi. Jakże zatem możemy się nie zastanawiać nad Ewangeliami, które odtąd zastąpią Eucharystię na ołtarzach głównych naszych kościołów. Co więcej, mówi się o protestantach, że brakuje im „pełnej realności Eucharystii”! O jaką Eucharystię chodzi? Z pewnością nie katolicką, gdzie Rzeczywista Obecność jest albo jej nie ma! We wszystkich schematach o Objawieniu próbuje się zminimalizować wartość Tradycji na korzyść Pism. Świeccy i kapłani są niesłusznie obwiniani o zbyt małe nabożeństwo do Pisma Św. (…) Prawda Kościoła ma wyraźne implikacje, które wprawiają protestantów w zakłopotanie i zaiste! również katolików przesiąkniętych liberalizmem. Od tej pory nowym dogmatem, który zajmie miejsce Prawdy Kościoła będzie godność osoby ludzkiej i najwyższe dobro wolności, dwie koncepcje, których wyraźniej definicji się unika. Według naszych nowinkarzy wolność publicznego ujawniania religii czyjegoś sumienia staje się ścisłym prawem każdej osoby ludzkiej, prawem, w który nikt żyjący nie może ingerować. Czy religia jest prawdziwa czy nie, czy niesie ze sobą cnoty czy grzechy ma dla nich niewielkie znaczenie. Jedynym ograniczeniem ma być dobro wspólne, którego ci nowinkarze oczywiście nie definiują. Pogląd ten spowoduje konieczną rewizję umów między Watykanem a niektórymi narodami, które słusznie przyznają preferencyjne traktowanie Religii Katolickiej (…) Wynikałoby z tego że katolicy nie będą mieli już prawa działać na rzecz ustanowienia bądź przywrócenia Państwa Katolickiego. Obowiązkiem ich będzie popieranie religijnego indyferentyzmu Państwa. (…) Wolność, do której dążą ci, którzy ją postrzegają jako dobro absolutne jest chimerą (…) Definiowanie wolności jako braku ograniczeń jest niszczeniem wszystkich władz umieszczonych przez Boga na łonie wszystkich rodzin [tj. rodziny, państwa, diecezji, parafii] aby rozwijać prawidłowy użytek z wolności danej nam byśmy szukali Dobra (…) Prawda Kościoła jest istotną racją jego gorliwości apostolskiej, nawracania, a stąd głęboko zakorzenionym powodem powołań misyjnych, powołań kapłańskich i zakonnych, które wymagają wielkoduszności, ofiary oraz wytrwałości w przeciwnościach i krzyżach. Gorliwość ta, gotowa rozpalić świat, jest kłopotliwa dla protestantów. Chcieliby stworzyć schemat o Kościele w świecie, starannie unikając jakiejkolwiek wzmianki o ewangelizacji. Państwo ziemskie można zbudować bez kwestii kapłanów, mnichów i zakonnic, sakramentów, ofiary Mszy, katolickich instytucji, szkół czy też dzieł miłosierdzia wobec duszy i ciała. (…) Zwycięstwo zostało odniesione. Została otwarta droga do wszelkich form dialogu, to jest dla nich, do każdego kompromisu. Podsumowując: koniec z „papolatrią” i monarchicznym ustrojem Kościoła, żegnajcie Święte Oficjum, Indeks, sumienia wreszcie są wolne, itd. W obliczu takiej burzy i wszystkiego co spowodowała co mamy czynić? 1) Zachowujcie waszą wiarę bez skazy – wasze przywiązanie do tego co Kościół zawsze nauczał i nie dajcie się zmienić ani zniechęcić. Nasz Pan poddaje naszą wiarę próbie jak czynił to z Apostołami i wobe Abrahama. Aby mógł to uczynić musimy naprawdę mieć wrażenie że giniemy. Wtedy zwycięstwo Prawdy będzie zaiste zwycięstwem Boga a nie naszym własnym. 2) Bądźcie obiektywni (…) Właściwe i będące na czasie dążenia mogły łatwo zostać przekute w godne szacunku teksty i nauki odpowiadające naszym czasom bez pozbawionej podstaw i źle rozumianej kolegialności, bez wolności fałszywych religii, bez niestosownej deklaracji o żydach, bez jawnego ograniczenia władzy papieskiej (…) To nie ojcowie soborowi jako całość pragnęli tych tekstów w ich opublikowanej formie i w zgodności z nową doktryną, lecz raczej grupa ojców i ekspertów użyła słuszne pragnienia ojców by przeprowadzić swe doktryny (…) 3) Publicznie, bez wahania wyznajcie naszą wiarę – w prasie, w rozmowach, w listach, będąc gotowym do posłuszeństwa papieżowi, pozostając z nim niezawolnie związanym, 4) Módlcie się i czyńcie pokutę. Módlcie się do Dziewicy Maryi, Matki Kościoła albowiem pozostaje ona w sercu wszystkich tych dysput i zawsze pokonuje herezje. (…)” Pod koniec grudnia 1964 roku Abp Lefebvre przekazał do sekretariatu zgromadzenia siedem stron zastrzeżeń do schematu, zaś w czerwcu 1965 Coetus złożył 24 strony propozycji poprawek. 20 września 1965 roku Abp Lefebvre ponownie przemawiał przeciw dokumentowi, wskazując że realizuje on idee XVIII wiecznych wolnomyślicieli i masonów przeciwne nauczaniu katolickiemu (m.in. Immortale Dei Leona XIII). Jednakże podczas ostatniej sesji we wrześniu 1965 jedynie członkowie Coetusa głosowali przeciw pracom nad bazie projektu. Przeszedł on zatem do dalszych obrad jako podstawa przyszłej deklaracji, co oznaczało znów zgłaszanie kolejnych modi. 18 listopada 1965 r. w podsumowaniu przesłanym 800 „ojcom soborowym” Coetus wyjaśniał swoje stanowisko odnośnie głosowania nad projektem (non placet). Podczas głosowania 19 listopada 1965 roku padło 249 non placet co skłoniło Pawła VI, który chciał uzyskać wynik zbliżony do jednomyślności, do interwencji. Ostatecznie, podczas głosowania tekstu z niewielką poprawką Pawła VI, 7 grudnia liczba non placet zmalała do 70, wśród nich znajdował się głos Abp Lefebvre. Abp Lefebvre głosował również przeciwko Gaudium et spes, której schemat skrytykował w interwencji z 9 września 1965 r. wskazując m.in. że „ta Konstytucja Duszpasterska nie jest duszpasterska i nie wywodzi się z Kościoła Katolickiego (…) Niezliczone propozycje zawierają dwuznaczności albowiem w rzeczywistości doktryna osób, które je przygotowały nie jest tradycyjną doktryną katolicką lecz nową doktryną stworzoną z mieszanki nominalizmu, modernizmu, liberalizmu i tajardyzmu” oraz na błędne „de lubakowskie” ujęcie Kościoła jako „sakramentu” wobec świata. Arcybiskup skrytykował wówczas również przemilczanie przez schemat grzechu pierworodnego i jego skutków oraz propozycję o skutkach dla natury ludzkiej Wcielenia Syna Bożego, która po późniejszej korekcie otrzymała brzmienie (GS 22): „Przez swoje Wcielenie Syn Boży zjednoczył się jakoś z każdym człowiekiem”. Jak konkludował swoją interwencję złożoną do sekretariatu Vaticanum II: „Ta Konstytucja duszpasterska (…) nie karmi chrześcijan prawdą Apostolską Ewangelii a ponadto Kościół nigdy nie przemawiał w ten sposób. Nie możemy słuchać tego głosu ponieważ nie jest to głos Oblubienicy Chrystusa (…) Znamy głos Chrystusa, naszego Pasterza. Tego głosu nie znamy. Odzienie jest owcze. Głos nie jest głosem pasterza, lecz przypuszczalnie wilka.” Mimo głosowania przeciw Dignitatis Humanae oraz Gaudium et spes , po promulgowaniu przez Pawła IV czterech głosowanych 7 grudnia 1965 r. dokumentów (oprócz DH i GS także Ad Gentes i Presbyterorum Ordinis) Abp Lefebvre podpisał natomiast zbiorczy arkusz z incipitami tychże dokumentów jako przyjętymi ostatecznie mimo jego głosu przeciw. Omówienia wymaga jeszcze ówczesny stosunek Abp Lefebvre do propozycji „reform” liturgicznych”. Otóż Arcybiskup był za niezmiennością Mszy Wiernych (tj. właściwej Mszy Ofiarnej) natomiast dopuszczał zmiany – w tym użycie języków narodowych w czytaniach - w Mszy Katechumenów jako przeznaczonej do pouczenia wiernych.
