W grudniu roku 1965 Paweł VI ogłosił udane spotkanie „religii Boga, który stał się człowiekiem z religią człowieka, który czyni siebie bogiem” (więcej), biskupi rozjechali się z Rzymu, pozostały ciała takie Concilium H. Bugniniego mające się zająć wdrażaniem „reform”. Wkrótce „nowa Pięćdziesiątnica” czy też „wiosna Kościoła” okazała się mniej piękna niż to sobie wymarzono. Skutki sam Paweł VI ogłosić kilka lat później jako przedostanie się „dymu szatana” do świątyni Bożej, oczywiście mylnie diagnozując przyczyny (więcej). Progresiści minimalizowali problemy, próbując je zrzucić na złą wolę duchowieństwa i wiernych wobec „reform”. Abp Lefebvre w odpowiedzi na list kard. Ottavianiego z lipca 1966 roku skierowany do ordynariuszy i przełożonych zakonnych, 20 grudnia 1966 roku jako przełożony generalny „duchaczy” pisał bez ogródek o kryzysie biorącym się z „wielkiego umysłowego zamętu jaki dziś panuje” (tł. wł. za wersją angielską): „Występuje zmniejszona gorliwość i regularność w przyjmowaniu Sakramentów, zwłaszcza Pokuty. Występuje znacznie zmniejszony szacunek do Świętej Eucharystii, szczególnie wśród kapłanów, zmniejszenie powołań kapłańskich w misjach francuskojęzycznych”. Niewielka liczba odpowiedzi na zapytania jakie skierował Abp Lefebvre wynika „z trudności w ujęciu tych błędów, które wszędzie się szerzą. Zamęt można znaleźć zwłaszcza w literaturze, która rozpowszechnia zamęt umysłowy poprzez dwuznaczne i niejasne opisy, w których odkrywa się nową religię (…) Ośmielam się powiedzieć że obecny zamęt wydaje mi się znacznie poważniejszą sprawą niż podważanie czy kwestionowanie danej prawdy naszej Wiary. Ujawnia się on dziś w najwyższym pomieszaniu idei, załamaniu Kościoła i insytutucji religijnych, seminariów, szkół katolickich, słowem wszystkiego co stanowiło podporę Kościoła. Jest on logiczną kontynuacją herezji i błędów, które od kilku stuleci podkopują Kościół, zwłaszcza zeszłowiecznego liberalizmu, który podjął każdą próbę pojednania Kościoła z ideami, które doprowadziły do Rewolucji.” Z rozgoryczeniem pisał Abp Lefebvre o sytuacji w Afryce kiedy wydarzył się sobór: „Nawrócenia pogan i protestantów były bardzo liczne, herezję przegnano całkowicie zaś rządy świeckie zaakceptowały bardziej katolickie prawodawstwo (…) [Sobór] został przygotowany poprzez komisje przygotowawcze by ogłosić prawdę wobec tych błędów aby zniknęły na długi czas z Kościoła. To mógł być koniec protestantyzmu i początek owocnej epoki Kościoła. Jednak przygotowanie to zostało w sposób nienawistny odrzucone by przygotować drogę do najgorszej tragedii jakiej kiedykolwiek doznał Kościół. Oglądaliśmy mariaż Kościoła z ideami liberalnymi. Byłoby zaprzeczeniem faktów, zamknięciem oczu, brak odważnego stwierdzenia że sobór pozwolił tym, którzy wyznają błędy i tendencje potępione przez wymienionych wyżej papieży w sposób uprawniony utrzymywać, że ich doktryny zostały obecnie zaaprobowane. (…) Możemy i niestety musimy stwierdzić: tam gdzie, niemal w sposób powszechny sobór wprowadził nowinki, wstrząsnął pewnością prawd nauczanych przez autentyczne Magisterium Kościoła jako definitywnie należące do skarbca Tradycji. Gdy mówimy o przekazywaniu jurysdykcji biskupów, dwóch źródłach Objawienia, natchnieniu Bibli, konieczności katolickiego Chrztu, życiu łaski wśród heretyków, schizmatyków i pogan, celach małżeństwa, wolności religijnej, rzeczy ostatecznych, etc. W tych fundamentalnych kwestiach tradycyjna doktryna była jasna i jednomyślnie nauczana na uczelniach katolickich. Mimo to wiele tekstów soborowych o tych kwestiach pozwala je teraz podawać w wątpliwość. Konsekwencje tego zostały szybko opracowane i zastosowane w życiu Kościoła: - Wątpliwości odnośnie konieczności Kościoła i sakramentów zrodziły zanik powołań kapłańskich, - Wątpliwości dotyczące konieczności i natury „nawrócenia” duszy zdrodziły zanik powołań zakonnych, zrujnowanie tradycyjnej duchowości w nowicjatach i bezużyteczność misji, - Wątpliwości dotyczące prawowitości autorytetu i konieczności posłuszeństwa, zrodzone z wywyższenia godności osoby ludzkiej, autonomii sumienia i wolności, wstrząsają wszystkimi stowarzyszeniami, począwszy od Kościoła przez towarzystwa religijne, diecezje po społeczeństwo świeckie i rodzinę. Normalną konsekwencją pychy są wszelkie pożądliwości oczu i ciała. Jedną z najbardziej przerażających rzeczy jest przyposzczalnie degeneracja moralna, w którą popadła większość katolickich publikacji. Brak jest rezerwy w mówieniu o zmysłowości, kontroli urodzeń wszelkimi środkami, prawie do rozwodu, koedukacji, flirtowaniu i tańcach jako środkach edukacji chrześcijańskiej, kapłańskim celibacie, itd. - Wątpliwości dotyczące konieczności łaski do zbawienia powodują lekceważenie Chrztu, który jest obecnie przesuwany oraz porzucenie sakramentu Pokuty. Wszystko to jest głównie kwestią podejścia kapłanów, nie wiernych. To samo dotyczy Realnej Obecności – to kapłani zachowują się jakby w nią już nie wierzyli, ukrywając święty szacunek, znosząc wszelkie oznaki czci wobec Najświętszego Sakramentu oraz wszystkie obrzędy ku Jego czci, - Wątpliwości odnośnie konieczności Kościoła jako jedynego źródła zbawienia i Kościoła Katolickiego jako jedynej prawdziwej religii wywodzące się z deklaracji o ekumenizmie i wolności religijnej, niszczą autorytet Magisterium Kościoła. Zaiste, Rzym nie jest już wyłączną i konieczną Nauczycielką Prawdy. Zatem, wobec tych faktów, musimy dość do wniosku, że sobór wspiera w niewyobrażalny sposób szerzenie się liberalnych idei. Wiara, moralność, dyscyplina kościelna zostały wstrząśnięte aż po ich fundamenty, zgodnie z przewidywaniami wszystkich papieży. Postępuje szybko niszczenie Kościoła. Poprzez nadmierną władzę przyznaną konferencjom episkopatu Najwyższy Pasterz uczynił się bezsilnym. W ciągu jednego roku jak wiele bolesnych przykładów! I tylko Następca Piotra, tylko on sam może ocalić Kościół (…)” Jak wyżej wskazano Abp Lefebvre pisał powyższy list jako przełożony generalny (od lata 1962 roku) zgromadzenia duchaczy. Jako przełożony przystąpił energicznie do walki z „nową teologią” w seminariach zgromadzenia, usuwając m.in. książki Congara, Chenu i de Lubaca z blibliotek oraz nakłaniając do powrotu do realistycznej filozofii tomistycznej oraz odejścia od „wielkiego zła naszych czasów – idealizmu i subiektywizmu”. Na wiosnę roku 1963 spotkał się z rektorami głównych szkół oraz przełożonymi prowincjonalnymi w celu omówienia reform. Dawał również odpór próbom wprowadzania nowinek liturgicznych – w liście z kwietnia 1963 roku do rektorów przykazywał unikanie liturgicznych nadużyć, zmiany języka liturgicznego, zastępowania liturgii „para-liturgią”, Komunii na stojąco, Mszy versus populum poza wyjątkami – po uzyskaniu specjalnego pozwolenia. Wziął również udział w boju o zachowanie sutanny powszechnie porzucanej przez francuskich księży. Droga ta była oczywiście na kursie kolizyjnym ze zmianami „wiosny soborowej”, co powodowało wzrost niezadowolenia progresywnie nastawionych księży zgromadzenia. Krytykowano upór Arcybiskupa i brak otwarcia na to co nowe i świeże, zacofaną edukację pod kierownictwem ks. Le Flocha nie przystającą do potrzeb współczesnych czasów. Opozycja wśród francuskich członków zgromadzenia stopniowo rosła – zaczęły się nawet odejścia, które objęły ośmiu kapłanów. Krytykowano również jego wypowiedzi podczas obrad Vaticanum II oraz wybór osoby spoza zgromadzenia – tercjarza dominikańskiego ks. Wiktora Alana Berto jako soborowej pomocy teologicznej. Podczas spotkania w maju 1964 w macierzystym domu zgromadzenia część przełożonych prowincjonalnych poprosiła Arcybiskupa by nie narzucał kongregacji własnych idei, które sprzeciwiają się poglądom większości jego członków. Wreszcie złożono donos do Pawła VI wskazujący m.in. że istnieje obawa, iż Abp Lefebvre nie wdroży decyzji soborowych w zgromadzeniu. Watykan zwrócił się do Arcybiskupa o wyjaśnienia, które przekazano pod koniec grudnia 1965 roku. Zadowoliły one Pawła VI i sprawa upadła. Jako przełożony zgromadzenia Abp Lefebvre przeprowadził szereg wizytacji m.in. odwiedził Portugalię, Hiszpanię, USA, Trynidad, Gujanę, Anglię, Kenię, Nigerię, Irlandię, Szkocję, Południową Afrykę, Mauritius, Reunion, Angolę, Sierra Leone, Kamerun, Brazylię, Kolumbię i Paragwaj. Po zakończeniu obrad Vaticanum II w styczniu 1966 roku Abp Lefebvre podjął konsultacje dotyczące funkcjonowania zgromadzenia w aktualnej rzeczywistości, których późniejszym owocem był opisany wyżej list do kard. Ottavianiego. Występował też przeciw mnożącym się w zgromadzeniu eksperymentom litrugicznym w duchu „reformy” usuwaniu Najświętszego Sakramentu z głównych ołtarzy, która to praktyka rozpoczęła się także w zgromadzeniu oraz w obronie indywidualnych Mszy recytowanych przed „niesłusznie zwiększającą się liczbą koncelebracji”, jak również rozpowszechnianiu Mszy w języku ludowym, które ograniczył do dwóch w tygodniu. W roku 1965 tak pisał do podwładnych „niech nasze aggiornamento nie będzie w duchu destrukcyjnego neoprotestantyzmu, który niszczy źródła świętości” lecz będzie „napędzane świętym pragnieniem, które inspirowało wszystkich świętych zaangażowanych w reformę. Byli oni reformatorami, gdyż miłowali naszego Ukrzyżowanego Pana oraz praktykowali posłuszeństwo, ubóstwo i czystość. W ten sposób zyskali ducha ofiary, poświęcenia i modlitwy, który uczynił z nich apostołów”. Arcybiskup Lefebvre orientował się jednak że nie jest w stanie prowadzić zgromadzenia, w którym zaczęły dominować zgoła odmienne tendencje, które go nie słuchało i nie chciało już jego przywództwa. W roku 1967 zwierzył się swemu przyjacielowi z obrad Vaticanum II Abp Sigaudowi że zamierza złożyć rezygnację. Jednocześnie przygotowywana była na rok 1968 kapituła generalna w Rzymie i Arcybiskup postanowił zaproponować przed nią swoją rezygnację. W lutym 1967 roku w La Pensee Catholique ukazał się artykuł Arcybiskupa dotyczący obrony rodziny we współczesnym społeczeństwie, w którym Arcybiskup podnosił postępujący na podstawie nowej zasady wolności religijnej proces sekularyzacji społeczeństw: „byłoby działaniem przestępczym zachęcanie państw katolickich by podejmowały sekularyzację, traciły zupełnie zainteresowanie ich religią, patrzyły z obojętnością na to jak szerzy się błąd i niemoralność oraz, pod fałszywym pretekstem ludzkiej godności, wprowadzały do społeczeństwa wraz z przesadzoną wolnością religijną czynnik do jego rozpuszczenia, promując indywidualne sumienie kosztem dobra wspólnego” (tł. wł. za biografią Bp Tissier de Mallerais). W Poniedziałek Wielkanocny, 27 marca roku 1967 Arcybiskup odwiedził w San Giovanni Rotondo o. Piusa z Pietrelciny, prosząc o modlitwę za powodzenie kapituły. Arcybiskup poprosił też świątobliwego stygmatyka o błogosławieństwo, na co ten odparł z pokorą, że to Arcybiskup powinien go pobłogosławić, co też uczynił. W tym samym roku opublikowano wdrażający idee de Chardina i Rahnera progresywny Katechizm Holenderski, który został rozpowszechniony również we Francji bez imprimatur. Także założenia do nowego katechizmu francuskiego pomijały tradycyjne katolickie nauczanie o rzeczach ostatecznych i grzechu pierworodnym. Arcybiskup włączył się w walkę i na tym polu, m.in. w roku 1968 przygotowując broszurę: Co powinniśmy myśleć o nowym katechizmie?, która została rozesłana do biskupów francuskich przed ich konferencją w Lourdes, w listopadzie 1968. Arcybiskup wskazywał: „Kościół we Francji ściąga na siebie Bożą klątwę. Dzieci proszą o chleb a daje im się skorpiony”, co wywołało gniew arcybiskupa Bourges kardynała Lefebvre. W Rzymie dawne Święte Oficjum przechodziło kolejne „reformy”. W sierpniu roku 1967 ukazał się też pierwszy numer czasopisma Fortes in Fide, które Abp Lefebvre wydawał dzięki sprzętowi zakupionemu z darowizny od szkockiej katoliczki wychowanej we Francji i mieszkającej w USA – pani Klaudii Kinnoull, przyjaciółki Leona de Poncins. W czasopismie umieszczane były m.in. teksty Biskupa Carliego. Przez pewien czas Arcybiskup miał też wsparcie tłumaczeniowe współbraci ze zgromadzenia duchaczy. Arcybiskup wynajął również lokal w Rzymie, gdzie otworzył ksiągarnię z tradycyjnymi książkami. Wspierał również ruchy katolików we Francji, które chciały zachować tradycyjną wiarę i musiały odnaleźć się w nowej sytuacji. W wypowiedzi z 7 marca 1968 roku Arcybiskup znów odniósł się do kryzysu w Kościele i zdumieniu „wielu katolików czy niekatolików (…) na widok rozprzestrzeniania się wewqnątrz Kościoła głosu jego sług i doktryn rzucających wątpliwości na prawdy dotąd uważane za niezmienne fundamenty Wiary Katolickiej.” Arcybiskup mówił o kryzysie autorytetu, o „rozpoczynającym się nowym rozdarciu w szacie Kościoła, nowej herezji, nowej schizmie”. Jak zauważał: „kiedy się wie, że w oczach tych, którzy pragną dominować nad światem, komunistów oraz technokratów światowej finansjery, jedyną rzeczywistą przeszkodą w zniewoleniu ludzkości jest Katolicki Kościół Rzymski nie dziwią zjednoczone wysiłki komunistów i masonów by zmienić zarówno nauczanie, jak i hierarchiczny ustrój Kościoła (…) Sparaliżowanie magisterium Kościoła i zmiana jego ustroju byłaby zwycięstwem bez precedensu albowiem nie wystarczy podbić narody by znieść ich religię, czasem, na przekór, zakorzenia się ona [wtedy] głębiej. Jednakże zniszczenie wiary poprzez zepsucie nauczania Kościoła, zduszenie osobowego autorytetu poprzez uczynienie go zależnym od wielu organizacji dużo łatwiejszych do infiltracji i uzyskania wpływu sprawiłoby że koniec Religii Katolickiej będzie wydawał się możliwy. Poprzez takie grupowe nauczanie można wzniecić wątpliwości w zakresie wszystkich problemów wiary zaś zdecentralizowane magisterium sparaliżuje nauczanie Rzymu. Łatwo przewidzieć że przemyślne ataki przeprowadzane w światowej prasie, nawet tej katolickiej, będą dalej powiększać rozprzestrzenianie się na całą światową opinię kampanii mających za cel wprowadzenie zamętu w umysłach, wszystkie prawdy Credo zostaną wstrząśnięte, wszystkie przykazania Boże, sakramenty – cały katechizm zostaną zamienione w sieczkę. Mamy jaskrawe przykłady. (…) Dziś magisterium jest podporządkowane większości. Jest to paraliż, który przeszkadza w niezwłocznej interwencji lub czyni ją na tyle słabą i bezużyteczną by zadowolić wszystkich członków komisji lub ciał zbiorowych. Ten duch demokratyzacji nauczania Kościoła jest śmiertelnym niebezpieczeństwem jeśli nie dla Kościoła, pozostającego na zawsze pod Bożą opieką, to dla milionów bezradnych i zatrutych dusz, na których pomoc nie przybędą żadni lekarze (…) Paraliż magisterium, rozmywanie magisterium – to drugie nacechowane brakiem jasności idei i terminologii, brakiem precyzji i koniecznych rozróżnień skutkujący tym że znaczenie słów nie jest już zrozumiałe. Weźmy pojęcia ludzkiej godności, wolności, sprawiedliwości społecznej, sumienia. W samym Kościele słowa te mogą mieć odtąd na równi znaczenie marksistowskie albo chrześcijańskie. Skoro tylko osiągnięto demokratyzację nauczania, następuje w sposób naturalny demokratyzacja rządów (…) W Kościele idee te są wyrażane w słynnym haśle „kolegialności”. Rząd należy uczynić kolegialnym: ten papieża czy ten biskupów z kolegium kapłańskim, ten proboszcza z parafialnym kolegium świeckich, wszystko to otoczone komisjami, radami, sesjami, itd. zanim władze mogą wydać jakiekolwiek polecenia i dyrektywy. Bitwa o kolegializm, popierany przez całą komunistyczną, protestancką i progresywną prasę pozostanie wyraźną w annałach soboru. (…) Jeśli Papież zachował pewną osobistą wolność rządzenia, to jak można uciec do wniosku że konferencje episkopatów w sposób szczególny ograniczają tę wolność. (…) Jednym ze skutków kolegialności rządu, znacznie bardziej oczywistym jest paraliż rządu każdego indywidualnego biskupa w jego własnej diecezji. (…) Kolegializm ten ma zastosowanie w podobny sposób do miejscowego zarządzania diecezjami, parafiami, zgromadzeniami zakonnymi i wszystkimi wspólnotami Kościoła w takim stopniu że sprawowanie rządu staje się niemożliwe. (…) W zgromadzeniu decyduje liczba (…) Jednak liczba nie decyduje o prawdzie. W ten sposób, poprzez kolegializm czy też demokratyzację została wprowadzona do Kościoła dialektyka, przynosząc ze sobą podział, niepokój oraz brak jedności i miłości.” Kapituła generalna zgromadzenia duchaczy została otwarta 8 września 1968 roku w Rzymie. Abp Lefebvre złożył sprawozdanie z pełnionej funkcji, natomiast progresywna większość wystąpiła z projektem ograniczenia uprawnień przełożonego generalnego w zakresie kapituły do funkcji wyłącznie honorowej, co przegłosowano 11 września. Jak wskazał Arcybiskup było to sprzeczne z duchem Kościoła oraz z tradycjami i konstytucjami zgromadzenia, zatem nie do przyjęcia i opuścił kapitułę, która wybrała następnie, wzorem soborowym, trzech moderatorów, którzy prowadzili dalej, z przerwami, obrady zakończone ostatecznie dopiero w roku 1969. Pod koniec września Abp Lefebvre pojawił się ponownie na kapitule, odczytując mowę pożegnalną, w której oświadczał że pozostał wierny duchowości ks. Libermanna oraz gorliwości misyjnej i apostolskiej, wskazując jednocześnie: „wielu z was już nie chce tych rzeczy. Dlaczego to ukrywa się to przed nami? (…) Indywidualizm, egoizm i pragnienie swobody i niezależności zwyciężyło nad życiem zakonnym, życiem wspólnotowym, życiem w posłuszeństwie i roztropności wobec świata, życiem prawdziwego oderwania od dóbr i wygód tego świata.” 30 września agencja AFP doniosła z Watykanu, że Abp Marcel Lefebvre postanowił zrezygnować zgodności przełożonego generalnego ojców Ducha Świętego „aby kapituła mogła swobodnie podjąć aggiornamento stowarzyszenia w duchu soboru”. 13 października Abp Lefebvre przekazał kapitule swoje końcowe uwagi dotyczące zgromadzenia. 28 października kapituła wybrała ks. Józefa Lecuyera nowym przełożonym generalnym co oznaczało zakończenie pełnienia przez Arcybiskupa tej funkcji. W roku 1970 zgromadzenie przyjęło nowe, zgodne z duchem soboru dyrektywy formacyjne i dyscyplinarne, uwzględniające m.in. nowy paradygmat „ekumeniczny”. Arcybiskup opuścił macierzysty dom duchaczy, zamieszkał w Rzymie, gdzie wynajął pokój u zakonnic przy litewskim seminarium. Z pełnionych funkcji pozostała mu rola konsultora Kongregacji Propagowania Wiary oraz przewodniczącego komisji ds. katechizacji Afryki. Jak powiedział Abp Sigaudowi pragnął poświęcić pozostałą część życia (miał wówczas 63 lata) obronie Wiary Katolickiej w powstałym zamęcie. Jednym z jej elementów miało być utworzenie międzynarodowego seminarium.
