Hozjusz (2)
Po powrocie z Krakowa, biskup Hozjusz szczególną uwagę skupił na sytuacji w Toruniu, który stanowił duży ośrodek herezji. W kwietniu 1551 roku zjechał osobiście do Torunia, gdzie kazał ogłosić aby każdy kto ma wątpliwości w kwestiach dotyczących Wiary zgłosił się do niego. Następnie udał się do miejscowej fary aby obejrzeć jak wygląda odprawiana tam liturgia. Uderzyło go że pomija się wezwania Świętych w litanii, czego, jak dowiedział się od proboszcza, pomysłodawcą był rektor toruńskiej szkoły. Podczas Komplety pomijano maryjną antyfonę Salve Regina, śpiewając w to miejsce nowy hymn do „Króla Miłosierdzia”, zaś podczas wystawienia Najświętszego Sakramentu nikt Mu należytej czci nie oddawał i obecni w kościele tyłem do ołtarza byli zwróceni. Odbył zatem Hozjusz procesję z Najświętszym Sakramentem a po jej zakończeniu spotkanie z rektorem, który, napomniany, próbował winę zrzucić na mieszczan. Na drugi dzień zatem wyjaśniał biskup sprawę z rajcami, których, podobnie jak rektora przekonał, by nie mieszali się do spraw służby Bożej. Tymczasem, wobec wakatu w diecezji warmińskiej, Zygmunt August nominował Hozjusza na tamtejszego ordynariusza, mimo sprzeciwu kapituły z marca 1551. Hozjuszowi udało się zażegnać konflikt i skłonić kapitułę do ponownego wyboru w zamian za obietnicę zachowania przywilejów kanoników warmińskich. Pod koniec kwietnia 1551 roku nominację Hozjusza zatwierdził papież Juliusz III.
W czerwcu 1551 roku Hozjusz na wezwanie prymasa Mikołaja Dzierzgowskiego udał się na synod archidiecezji gnieźnieńskiej do Piotrkowa, mimo iż jego poprzednicy uważali się za sufraganów metropolii w Rydze. Na jego wniosek skierowany do prymasa i biskupów przystąpiono na początek do złożenia katolickiego wyznania wiary, które składał uroczyście, pod przysięgą każdy z biskupów, odpowiadając także na pytania ukierunkowane na zarzuty dotyczący heterodoksji, czytane przez notariusza Jana Ostrowskiego. Na synodzie powierzono także Hozjuszowi zadanie ułożenia uniwersalnego wyznania wiary (Professio catholicae fidei Christiana), które składali przedstawiciele nieobecnych na synodzie biskupów, do którego dołączono zbiór podstawowych artykułów Wiary. Wyznanie to, po uzupełnieniu, przybrało formę popularnego w Europie wykładu prawd Wiary Katolickiej: Confessio fidei catholicae, wydanego w całości dwa lata później, za sprawą prymasa Dzierzgowskiego, w Krakowie, wielokrotnie przedrukowywanego (do roku 1573 r. 17 wydań) i tłumaczonego na inne języki (niemiecki, włoski i francuski). W owym Confessio Hozjusz uwzględnił również błędy zawarte w czwartej księdze traktatu o państwie Andrzeja Frycza Modrzewskiego de Ecclesia (O Kościele), który przekazali mu na synodzie piotrkowskim biskupi do recenzji, m.in. tendencje irenistyczne i demokratyczne (ostatecznie Modrzewski wydał tę księgę w Bazylei). Sojusznika jeśli chodzi o walkę w obronie Wiary znalazł Hozjusz w kapitule krakowskiej. Wybrano także na wspomnianym synodzie Hozjusza delegatem na otwarty na nowo przez papieża Juliusza III Sobór Trydencki, na którego obrady wskutek ich odłożenia (m.in. wskutek kolejnej odsłony wojny w krajach niemieckich wywołanej przejściem Maurycego saskiego na stronę protestancką) jednak ostatecznie nie wyjechał. 21 lipca 1551 roku, we Fromborku, Hozjusz odbył ingres na biskupa warmińskiego a następnie wizytację parafii w diecezji, podejmując działania w celu usunięcia protestanckich uzurpatorów na probostwach. Reformy rozpoczął od kapituły - od nowych kanoników wymagał przed objęciem beneficjum uroczystej przysięgi, że nie należą do sekt protestanckich i że w przyszłości do żadnej z nich nie przystąpią. Podjął także starania by do kapituły nie przyjmowano wychowanków protestanckich uczelni w krajach niemieckich.
Postępy herezji obrazowała scena z Mszy Św. w dniu 2 lutego 1552 roku, odprawionej z polecenia króla na rozpoczęcie sejmu w Piotrkowie. Podczas Podniesienia posłowie heretyccy otwarcie okazywali lekceważenie, zaś Rafał Leszczyński, którego obrano zaraz potem marszałkiem, nawet ubrał czapkę. Nastąpiła potem, podczas sejmu eskalacja wystąpień przeciw Kościołowi i duchowieństwu, uderzano zwłaszcza w sądy biskupie i ich jurysdykcję w sprawach herezji, przeciw której przemawiał także Jan Tarnowski. Sejm ów oglądał również pojednanie z Kościołem, ekskomunikowanego za skandal wzięcia sobie kobiety, ks. Stanisława Orzechowskiego, Hozjusz przybył na sejm dopiero w marcu, pod jego nieobecność najodważniej występował biskup krakowski Andrzej Zebrzydowski, napiętnując próby obalenia Wiary, zwiastujące to co już dokonało się w krajach niemieckich - zamachy na kościoły i godność biskupią oraz wypominając skandal w kościele z udziałem Leszczyńskiego jako obrazę Chrystusa Króla i króla Zygmunta zarazem, jak również pochód rewolucji pod sztandarami liberalizmu. Jak skonkludował: „To są początki w Polsce nieszczęść wszelakich, którym jeżeli nie zabieżysz, one królestwo twoje wniwecz obrócą. Lecz w tym miejscu występują przeciw nam, przeciwstawiąc nam wolności słodkie imię, jakoby w jej obronie to się działo. Jest że to jednak wolność a nie swawola największa, w której nie ma żadnego pomiarkowania, jeśli się gardzi prawami ludzkimi a lekceważeniem i bluźnierstwem obala Boskie, jeżeli się wszystko wwodzi w wir swarów i przekleństw, potwarzy, buntów i wojen? Owa bowiem prawdziwa i doskonała wolność nie jest rozpustna, ani sroga, ani dumna, ale jest skromna, obyczajna i cicha, przetoż nie wolności nasi przeciwnicy szukają, ale szkodliwej swawoli.” Na sejmie tym zmieniono też skład przedstawicielstwa na Sobór Trydencki – zamiast Hozjusza wybrano dwóch heterodoksyjnych biskupów Drohojowskiego i Uchańskiego oraz wojewodę lubelskiego Stanisława Tęczyńskiego, przydając im do pomocy jako sekretarza Andrzeja Frycza Modrzewskiego, co wywołało interwencję biskupów katolickich (list Zebrzydowskiego do Juliusza III) u papieża. Ostatecznie i ta delegacja, wskutek sytuacji w Niemczech i zawieszenia obrad soboru, do Trydentu nie dotarła. Jak podsumowuje x. J. Bukowski Sejm roku 1552 „wyprowadził na wierzch wszystkie namiętności heretyckie, które wrzały już od niejakiego czasu, lecz jeszcze zbyt jawnie pokazać się nie śmiały (…) Wystąpiły one prawie zupełnie jawnie jako potęgi niszczące, gotowe obalić Kościół, wiarę, obyczaj; a w następstwie zatrząść nawet władzą królewską i fundamentami państwa. Wolność szlachecka, zepsucie i obiecywana naprawa kościoła, czysta ewangelia, czyste słowo Boże, to były hasła i jakoby palliatywy, pod którymi ukryte swe zamiary i błędy swoje wprowadzały.”
Tragizm sytuacji uwidaczniał najlepiej posejmowy obrazek - 26 maja 1552 roku, w święto Wniebowstąpienia Pańskiego do katedry wawelskiej wszedł przed Sumą ekskomunikowany Hieronim Ossoliński i na wezwanie do opuszczenia kościoła odpowiedział że będzie w nim siedział dopóki wszyscy księża pierwsi z kościoła nie ustąpią. W rezultacie Msza Św. nie odbyła się – nie odważono się wyprowadzić zuchwalca, kapituła z biskupem Zebrzydowskim złożyła natomiast skargi do króla, który, jak to miał w zwyczaju, przeczekał sprawę. 30 maja 1552 roku Ossoliński wtargnął ze swymi zwolennikami na obrady kapituły krakowskiej, oskarżając kanoników że o karach kościelnych nie wiedział. Nic dziwnego, że w liście do Hozjusza z 1 kwietnia 1553 r. kanclerz Jan Ocieski pisał: „nie wiem jak możemy błędom w sąsiednich krajach szerzącym się chcieć zaradzić, gdy u siebie nie tylko na takowe błędy pozwalamy, lecz je nawet milcząco jakby pochwalamy, tak że te błędy, które dotąd tu i ówdzie jakby rozproszone się pokazywały, teraz coraz więcej korzenie zapuszczają i wzbijać się poczynają, w której to rzeczy nie tylko wykonawcy, ale i tego który, stróżować i donosić powinien, wymówić nie mogę. Prywatne bowiem nasze sprawy więcej nas obchodzą aniżeli całego Kościoła (…) Gdy bowiem niedawno jeszcze o kilka mil od Krakowa nie bez wielkiego strachu odbywano wieczerzę Pańską w sposób heretycki, teraz odbywa się to pod samymi murami zamku krakowskiego bez żadnej obawy i bezkarnie dzieją się rzeczy, które długo by wyliczać” (przekład x. J. Bukowskiego). W kolejnym liście z 28 kwietnia Ociecki pisał: „gdy ta tyrańska dowolność w stawianiu coraz nowych dogmatów, przez którą lud do coraz nowych błędów z podeptaniem wszelkiej boskiej i ludzkiej powagi się pociąga, nie tylko bez wielkiego grzechu, ale i bez niebezpieczeństwa dłużej tolerowaną być nie powinna”.
Tymczasem Hozjusz, który po sejmie piotrkowskim 1552 zachorował (i dając osobisty przykład odmawiał zatrudnienia lekarza heretyka), wrócił do zdrowia i 9 czerwca spotkał się w Toruniu z udającym się do Prus Królewskich królem, podążając wraz z nim do Elbląga, Malborka i Gdańska (8 lipca). Podczas tej podróży luterański magistrat pruskich miast wywierał na Zygmunta Augusta naciski o wolność religijną to jest swobodne wyznawanie wiary luterskiej. W Elblągu głównym szermierzem luteranizmu okazał się kaznodzieja Piotr Ersam z kościoła NMP, którego Hozjusz zawezwał przed sąd biskupi do Gdańska. Wykładał też cierpliwie Hozjusz królowi by nie podejmował decyzji w kwestiach Wiary, gdyż ta sfera przynależy do Kościoła. Taką też odpowiedź przekazał Zygmunt August deputacjom mieszczan gdańskich i elbląskich, odsyłając ich do biskupa. Wobec niestawiennictwa Piotra Ersama na proces Hozjusz ogłosił jego depozycję i usunięcie z Elbląga, podobne działania podejmował wobec nie posiadających inkardynacji duchownych w innych parafiach, którzy sprzyjali herezjom protestanckim. Kolejnym polem walki okazała się szkoła w Elblągu, którą luterańscy mieszczanie zamierzali przejąć (co ostatecznie udało się w roku 1598). We wrześniu 1552 roku pisał też Hozjusz do „elbląskich kozłów” by władze miejskie nie mieszały się w kwestie małżeństw. W roku 1553 przybył osobiście na Wielki Post do miasta, prowadząc nauczanie katolickie. Rada miejska była jednak niemal w całości zlutrzona i przed Wielkanocą, biskup, oświadczając że uważa ich za ekskomunikowanych heretyków, wyjechał z miasta. Tak też potem traktował rajców elbląskich – na sejmie pruskim w Grudziądzu, we wrześniu 1553 roku nie podał im ręki przy powitaniu jako wyłączonym we wspólnoty wiernych. Uzyskał też Hozjusz u Zygmunta Augusta nakaz królewski by Elblążanie wrócili do Wiary Katolickiej, który przekazał przedstawicielom miasta na sejmie w Malborku (maj 1554), co wywołało ostentacyjne uczestniczenie w nabożeństwach katolickich. Kolejną falę „reformacji” w Elblągu wywołały wystąpienia kaznodziei Walentego Sarceriusza (jesień 1554), którego dopiero królewska komisja na jesieni roku 1555 z miasta usunęła. Po nim przybył jednak kolejny agitator luterski Jan Hoppe. Interweniował także Hozjusz w sprawach swej byłej diecezji chełmińskiej, której nowy biskup Lubodziejski nie chciał parać się walką z herezją, przydając mu jako kanclerza i doradcę Szymona Maryckiego oraz prosząc o wsparcie w kancelarii królewskiej, którego udzielił mu sekretarz królewski kanonik Gabriel Grabowiecki (jesień 1552). Pisał również Hozjusz do samego Lubodziejskiego. Tymczasem protestanci toruńscy (1553) wypędzili z fary katolickiego proboszcza i ściągnęli sobie ze Śląska, z Legnicy kaznodzieję Jana Hyalina (Glazera). Sytuacja w Toruniu stała się na tyle fatalna, że w liście do Hozjusza ze stycznia 1555 roku dwaj miejscowi katoliccy kapłani sondowali możliwość przeniesienia do diecezji warmińskiej. Dopiero w tymże roku biskup Lubodziejski zakazał Hyalinowi głoszenia nauk i zawezwał go przed sąd. Zwolennicy Hyalina przybyli do drzwi sądu biskupiego w Starogardzie odwołanie do arcybiskupa w Rydze a bezradny biskup znów odwołał się do króla. Wreszcie, w roku 1557 torunianie sami oddalili Hyalina z powodu jego niemoralnych występków. Podobny problem wystąpił w szkole w Chełmie, gdzie przez trzy lata, wskutek nieudolności biskupa Lubodziejskiego, wykładał heretyk Jan Hoppe (Oppius), przegnany wcześniej z Królewca, popierany m.in. przez wojewodą malborskiego Achacego Czemę. Hozjusz proponował nawet, za zgodą Lubodziejskiego, Hoppemu spotkanie, z którego ten wymówił się że ma własnego biskupa. Nieudolność biskupa Lubodziejskiego i jego przestawanie z heretykami doprowadziły wreszcie Hozjusza do przekazania mu by go więcej o radę nie prosił, lecz udał się do tych, których się w sprawach religii słucha (1555). Ostatecznie skłoniło to biskupa chełmińskiego do bardziej energicznych kroków i uzyskał mandat królewski potwierdzający wydalenie Hoppego. Mimo to Hoppe przy poparciu wojewody malborskiego działał dalej i dopiero po sejmie pruskim we wrześniu 1555 roku w Grudziądzu, na którym Hozjusz mocno przeciw heretykowi w szkole występował wydalono go z Chełmna. W tym też czasie (początek 1555) przeciw Hozjuszowi występował w Gdańsku heretyk Bretschneider, pisząc na niego szkalujące paszkwile w obronie Hoppego. Hozjusz interweniował u króla, który wydał stosowny nakaz i na pewien czas gdański aptekarz musiał się ukryć. Protestanci stosowali też inną taktykę, np. po skonfiskowaniu w roku 1558 jednemu z królewieckich kupców na terenie diecezji książek heretyckich i prośbie tegoż o pomoc skierowanej do księcia Albrechta Hohenzollerna ten pisał do Hozjusza by książki zwrócono, gdyż sobór nie określił jeszcze ostatecznie co jest herezją a co nie. W tym samym roku doszło do demaskacji jednego z protegowanych fromborskiego dziekana Kempena, który w samej katedrze wygłaszał kazania przepojone kalwinizmem.
Otrzymywał też Hozjusz, jak już wyżej wspomniano, pozostając w swojej diecezji, doniesienia o stanie rzeczy na dworze królewskim. Jak mu donoszono, stan sprawy Wiary Katolickiej nieco poprawił się po kolejnym małżeństwie króla Zygmunta Augusta – w sierpniu 1553 roku z Katarzyną Austriaczką, córką Ferdynanda I. Królowa ze swoim dworem stała się przykładem dla katolików w Krakowie. Gorliwością wykazywali się także Polacy z królewskiego dworu tacy jak podkanclerzy Przerębski i kanclerz (od 1552) Jan Ocieski. Gorsza sytuacja była w innych częściach monarchii jagiellońskiej, zwłaszcza tam, gdzie właściciele ziemscy poszli w luteranizm czy jeszcze radykalniejszą herezję kalwińską (jak wspomniany już Mikołaj Radziwiłł zwany Czarnym). Kłopoty Hozjusz też miał wśród własnych krewnych – przyrodni brat Stanisława Ulryk, z drugiego małżeństwa ojca, ożeniony z córką Josta Decjusza, wykazywał wyraźne protestanckie skłonności, nawrócił się dopiero przed śmiercią (1573) za sprawą wileńskiego jezuity o. Stanisława Warszewickiego.
W roku 1554, w listopadzie miał odbyć się synod prowincjonalny archidiecezji gnieźnieńskiej w Piotrkowie, na który został zaproszony ponownie także Hozjusz. Podczas jego przeprawy przez Wisłę na rzece znajdowały się pokruszone kry lodu, między którymi znalazła się jego łódź. W niebezpieczeństwie biskup zwrócił się z ufnością do Chrystusa z prośbą o ocalenie i szczęśliwie dokończył przeprawy. Do samego synodu, z powodu nieobecności większości biskupów nie doszło, o czym Hozjusz zawiadamiał w liście z 29 listopada warmińską kapitułę. W listach z tego roku do ks. Marcina Kromera Hozjusz żalił się że za krzywdy wyrządzane im przez heretyków katolicy sprawiedliwości na dworze dojść nie mogą. Protektorem protestantów w Prusach był Radziwiłł Czarny toteż 25 października 1554 tak pisał do Kromera: "O Boże na jakie czasy mnie zachowałeś! Wierz mi, taki ból ta sprawa zadała mej duszy, żem omal nie stracił przytomności. To sprawa Radziwiłła, ja każę Elbląg a on nagradza" - chodziło o przywileje jakie otwarcie sprzyjające protestantyzmowi miasto otrzymało od króla, m.in. prawo bicia monety. Jak zwierzał się dalej Kromerowi: "Tam gdzie rządzi nie Zygmunt August, lecz bezbożny Radziwiłł, nie chcę być ani biskupem, ani senatorem. Wolę ustąpić ze wszystkiego co posiadam i nagi naśladować nagiego Chrystusa, niż tu podlegać antychrystowi. Jeśli tego nie wystarczy, gotów jestem ofiarować życie, które w tym stanie rzeczy jest mi bardzo gorzkie". W tym samym miesiącu Zygmunt August za protekcją Czarnego Radziwiłła mianował na kasztelana Malborka heretyckiego działacza Stanisława Myszkowskiego. W liście do prymasa Dzierzgowskiego z 28 lutego 1555 r. Hozjusz pisał m.in.: „odkąd Polska przyjęła chrześcijaństwo nie był nigdy stan Kościoła tak opłakany a biskupi w równej pogardzie i poniżeniu. Dawniej przed biskupami mieli nawet królowie poszanowanie i lękali się ich cenzur. Teraz biskupi tak utracili ducha, że się nawet własnego cienia lękają i przeciw najpospolitszemu nawet człowiekowi boją się swej władzy użyć (…) Czas już, żebyśmy ze snu powstali i przez naszą działalność okazali, żeśmy nie są tylko biskupami z imienia”. Chodziło oczywiście o potępianie heretyków i stawianie ich przed kościelne sądy.
Tymczasem na sejmie rozpoczętym 28 kwietnia 1555 roku, na którym Hozjusz był nieobecny, posłowie najpierw skierowali do króla żądanie przyjęcia artykułów o wolności religijnej a potem uchwalono wystosować do papieża petycję z żądaniami dla Polski kielicha dla osób świeckich, zniesienia celibatu duchownych, wprowadzenia do nabożeństw języka narodowego i zezwolenia na zwołanie synodu narodowego. Ideę synodu narodowego popierał Jakub Uchański. Przerażony Ociecki pisał 5 maja do Hozjusza: „gdyby ojczyzna moja od heretyków, którzy już teraz dominują i co dzień w siły i zuchwałość rosną, tak dalece opanowaną i odmienioną została, żeby chrześcijan prześladować poczęła, opuściwszy wszystko, żeby religię katolicką zachować, do portu zbawiennego twego, ucieczką mą będącego, pragnąłbym się udać”. Niebezpieczeństwo dostrzegał też pracujący w śląskiej Nysie dla biskupa wrocławskiego uczony konwertyta Stafylus, który w liście do Hozjusza z 8 czerwca pisał „jak wielkie jest niebezpieczeństwo, z tego straszliwego wrzenia, jakie aż tu do nas dochodzi, wnosić możemy, tak iż chociaż ten ogień u nas [tj. na Śląsku] zdaje się już wypalać, u was w sąsiedztwie tym gwałtowniej się wzmaga”. Katoliccy biskupi postanowili wysłać 21 maja 1555 roku list do papieża Pawła IV by unaocznić mu powagę spraw w Polsce. Również król, obiecawszy szlachcie protestanckiej że zwoła synod, po zakończeniu sejmu postanowił sprawdzoną metodą sprawę rozmyć, posyłając o zgodę nań do Rzymu, z czym i resztą petycji miał pojechać do Pawła IV brat zmarłego biskupa krakowskiego, marszałek nadworny Stanisław Maciejowski, którego wyjazd jednak wstrzymano. Tymczasem, zaniepokojony rozwojem sytuacji w Polsce papież Paweł IV pod koniec 1555 r. wysłał nad Wisłę, wyznaczonego jeszcze przez Juliusza III, pierwszego nuncjusza apostolskiego – Alojzego Lippomana, biskupa Werony. Do jego przysłania przyczyniły się, jak pisze ks. Załęski, również prośby i nalegania Hozjusza. Potencjał tkwiący w polskiej złotej wolności dostrzegł tymczasem Jan Kalwin, który pisał do osób w Polsce, nawet do Zygmunta Augusta (listy z 5 grudnia 1554, 25 lutego 1555 i z 24 grudnia 1455) by odrzucili papistowskie ciemności. Zygmunt August odpisał mu w swoim zwyczaju – grzecznie ale zbywająco, jak ocenił Kalwin: bez koniecznej gorliwości. Kalwin prosił też znanego rewolucjonistę Jana Łaskiego, wyrzuconego w roku 1553 z Anglii za nadmierny radykalizm, by przybył do Polski, gdzie jest dogodny czas do „nowej ewangelizacji”.
Lippomano, po przybyciu przez Wiedeń i Wrocław w październiku roku 1555 do Polski, miał zatem wiele zgryzot. Ten doświadczony kapłan i dyplomata, był wcześniej nuncjuszem w Portugalii i krajach niemieckich, potem jednym z przewodniczących obrad Soboru w Trydencie, wreszcie sekretarzem papieża Juliusza III. Posiadał zatem zaprawę w bojach z protestantami, którzy nad Wisłą przywitali go czarną propagandą, szerzoną m.in. przez pozostającego pod protekcją Czarnego Radziwiłła heretyka Wergeriusza, kapłana-renegata pochodzącego z Włoch (Piotr Paweł Vergerio). Również katolicy zachowawczy tacy jak Tarnowski obawiali się otwartego konfliktu i schizmy. Z Warszawy Lippomano skierował się do Wilna, gdzie przebywał król. Hozjusz tymczasem nie ustawał w swoich staraniach obrony Wiary, pisząc m.in. listy do Zygmunta Augusta, w których go do Wiary Katolickiej nakłaniał. Pisał wówczas (18 września 1555 r.) do biskupa warmińskiego, dziękując mu za te listy sekretarz królewski Stanisław Karnkowski, biadając że król styka się często z heretykami a zatem niemożliwością jest by coś z ich trucizny nie przejął. Również Lippomano zauważył po czasie zgubny wpływ heretyków na króla, zwłaszcza Mikołaja Radziwiłła Czarnego, który należał do najbliższych doradców i przyjaciół Zygmunta Augusta. Król przyjął go tymczasem uprzejmie, ale unikał kłopotliwych tematów oraz podejmowania jakichkolwiek stanowczych kroków. Na początku roku 1555 zjechał król z dworem do Warszawy a z nim i nuncjusz, pojawił się również Hozjusz, zapraszany przez Lippomana już do Wilna. Biskup warmiński próbował spotkać się z podkanclerzym Przerębskim by napomnieć go z powodu zbytniej pobłażliwości wobec heretyków a ten ostatni unikał spotkania mimo umówienia go w Łowiczu, na co Hozjusz skarżył się ks. M. Kromerowi w liście z 30 stycznia 1556 roku. Spotkał się natomiast Hozjusz z Lippomanem i wraz z nim wyjechał do Łowicza, gdzie czekał na nich arcybiskup gnieźnieński, nic jednak konkretnego nie uradzono. 1 marca 1556 roku wydał jednak Zygmunt August w Wilnie za namową Lippomana dekrety przeciw heretykom, z których niewiele jednak, jak zwykle wynikło, poza pozamykaniem zborów braci czeskich w Poznaniu, o czym proboszcz tamtejszej kolegiaty donosił w liście z 9 maja Hozjuszowi i to jedynie na pewien czas. Hozjusz napisał również polemikę z wydanym przez Wergeriusza traktatem jednego z protestanckich kaznodziejów Jana Brenza pod tytułem Obrona prawdziwej nauki chrześcijańskiej (Verae christianae catholicaeque doctrinae propungatio), zadedykowaną królowi i wydaną w roku 1558 roku, w Kolonii przez o. Piotra Kanizjusza. We wstępie Kanizjusz zamieścił laudację na cześć Hozjusza, żałując że nie ma więcej takich biskupów bo „inaczej wyglądałaby sprawa religii, o ile by łatwiej i bezbożność była usunięta, i uczciwość wszelka dała się światu przywrócić” (cyt. za: J. Umiński: op. cit.)
W tym samym czasie, na wiosnę 1556 roku stanął wreszcie u Pawła IV posłany przez Zygmunta Augusta Stanisław Maciejowski z żądaniami nabożeństw w języku polskim, Komunii pod dwiema postaciami, małżeństw księży i synodu narodowego. Reakcja papieża Caraffy była łatwa do przewidzenia: uznał żądania za nieprzyzwoite i niemożliwe do spełnienia a także na tyle alarmujące, że należy przyspieszyć wznowienie obrad soboru powszechnego. Spośród kleru polskiego papież miał zaufanie jedynie do Hozjusza, którego wezwał 22 października 1557 roku do Rzymu. Tymczasem mnożenie się sekt protestanckich i kłótnie między nimi zaczęły skłaniać ulegającą dotąd reformacji szlachtę do zastanowienia. Rok 1556 był jednak świadkiem zjazdów heretyckich m.in. w Pińczowie oraz synodu zwołanego przez Lippomana na wrzesień do Łowicza. Wcześniej miała jednak miejsce sprawa Doroty Łażęckiej – służącej jednego z sochaczewskich żydów, dla którego wykradła z kościoła Hostię, następnie profanowaną przez czwórkę żydów. Według zeznań Łażęckiej i jej pryncypała podczas kłucia z Hostii popłynęła krew. Po procesie i zeznaniach, podczas których stosowano torturę, oboje zostali skazani na spalenie – egzekucję wykonano w piątek przed Wniebowstąpieniem Pańskim. W obronie pozostałych trzech żydów rozpętała się kampania propagandowa, tak iż starosta sochaczewski postanowił ich wydać wojewodzie rawskiemu do Płocka, gdzie ich osądzono i 1 czerwca zostali straceni. Tymczasem żydzi znaleźli dojście do przebywającego na Litwie króla, który miał wśród tej grupy swoich wierzycieli. Zygmunt August zgodził się na wstrzymanie kary do czasu zbadania sprawy przez mianowanych przez siebie komisarzy. Gdy wyszło na jaw że trójkę żydów stracono wybuchło oburzenie, podsycane przez heretyków, którzy obwiniali za całość Lippomana. 1 września Radziwiłł Czarny napisał do nuncjusza zjadliwy list, będący odpowiedzią na list tegoż z lutego, wyzywając Kościół Katolicki od babilońskich nierządnic i państw Antychrysta. List ów stanowił hasło do kolejnych heretyckich paszkwili, drukowanych w luterskich Prusach Książęcych.
6 września 1556 r. rozpoczął się wspomniany synod w Łowiczu, na który stawił się również Hozjusz a na którym Lippomano wezwał biskupów w imieniu papieża do energicznego zwalczania herezji i obrony Kościoła. Biskupi woleli się jednak kłócić między sobą o kwestie formalne i jak napisał potem nuncjusz księciu Paliano – nie było między nimi miłości chrześcijańskiej a nawet się nienawidzili. Podjęto wreszcie merytoryczne obrady i ustalono że należy uzupełnić wyznanie wiary ułożone w roku 1551 przez Hozjusza a to z powodu pojawienia się nowych, radykalnych sekt antytryniarnych, przyjmując formułę z uczelni w Louvain. Ogólnie jednak synod niewiele wniósł a już 30 września, komentując sytuację w korespondencji z Hozjuszem dworzanin Zygmunta Augusta Jan Grodziecki zauważał że koronni biskupi w sprawach religii nadto łatwymi się okazują. Mimo to sejm koronny roku 1556, na którego początku ponownie Hozjusz nie był obecny, gdyż uczestniczył w sejmie pruskim, w Grudziądzu, rozczarował protestantów. Biskup warmiński napisał jednak z jego okazji i do króla, i do królowej Katarzyny, przestrzegając by nie dali się zwieść heretykom. Wreszcie sam przybył w połowie grudnia do Warszawy i wraz z innymi biskupami podjął inicjatywę prywatnej audiencji u króla, przemawiając przeciw wyjątkowo aktywnym Lismaninowi i Wergeriuszowi. Ten ostatni rozpowszechnił wśród szlachty list do Zygmunta Augusta, w którym wzywał monarchę do odrzucenia obrzydłego papizmu i przyjęcia czystej „ewangelii” czyli wiary luterskiej. Zgłosił także chęć publicznej debaty z Lippomanem. Król tymczasem planował uniknięcie niewygodnych tematów, wzywając sejm do skoncentrowania się na sytuacji w Inflantach. Mimo to sprawa religii wybuchła i w aspekcie wolności kultu protestanckiego, i jurysdykcji nad heretykami. Obronę przed żądaniami protestanckiej szlachty zorganizował Hozjusz – biskupi wystąpili na sejmie, odmawiając mu kompetencji rozstrzygania kwestii wiary, co chętnie poparł król. Jednocześnie jednak ostatni Jagiellon tradycyjnie już przymykał oko na praktykę tj. przejmowanie kolejnych kościołów przez protestantów m.in. w Toruniu, Elblągu i Gdańsku (1557). Hozjusz występował też przeciw protestantom w sprawie jurysdykcji biskupiej, zarzucając im że sprawa ta stanowi pretekst do podkopywania powagi urzędu biskupiego, by obaliwszy ten autorytet zwrócić się następnie przeciw władzy królewskiej i zaprowadzić anarchię. Jak wyraził to potem w liście do Uchańskiego: „aby biskupi nie byli biskupami ani król królem i aby żadnego praw ojczystych wykonawcy nie było; niech każdy wierzy w co chce, czyni co chce, wszyscy zarówno są kapłanami i biskupami, wszyscy zarówno królami być powinni (…) Panować więc chcą, nie podlegać i nie do czego innego jak do anarchii, wszystkie ich zamiary zdążają”. Po tej mowie nie było już w senacie nacisków w kwestii jurysdykcji biskupiej nad heretykami, przyjęto też postanowienie by za nieprzyjaciela ojczyzny i burzyciela pokoju był uważany ten kto wprowadza nowości religijne bądź stosuje przemoc w postaci zajmowania kościołów, grabieży i wypędzania kapłanów. Napór heretycki na sejmie został zatem na razie powstrzymany. 9 stycznia 1557 roku ukazał się edykt królewski potwierdzający powyższe ustalenia, zakazujący w szczególności bluźnierstw przeciw Bogu, Ofierze Mszy Św. i Sakramentom Św., wprowadzania nowych obrzędów, wszczynania rozruchów na tle religijnym i zaboru katolickich kościołów. Jak się wkrótce okazało owe piękne słowa Zygmunta Augusta pozostały po raz kolejny na papierze. 14 czerwca tego roku kaznodzieja królewski ks. Jan Pikarski pisał Hozjuszowi że Kościół jest udręczony z powodu niedbalstwa przełożonych duchownych a w królu mała nadzieja, bo zawsze obiecuje a biernie patrzy na nowinkarzy, którzy wyrzucają katolików z kościołów, obcuje z nimi i obdarza urzędami.
W czerwcu 1551 roku Hozjusz na wezwanie prymasa Mikołaja Dzierzgowskiego udał się na synod archidiecezji gnieźnieńskiej do Piotrkowa, mimo iż jego poprzednicy uważali się za sufraganów metropolii w Rydze. Na jego wniosek skierowany do prymasa i biskupów przystąpiono na początek do złożenia katolickiego wyznania wiary, które składał uroczyście, pod przysięgą każdy z biskupów, odpowiadając także na pytania ukierunkowane na zarzuty dotyczący heterodoksji, czytane przez notariusza Jana Ostrowskiego. Na synodzie powierzono także Hozjuszowi zadanie ułożenia uniwersalnego wyznania wiary (Professio catholicae fidei Christiana), które składali przedstawiciele nieobecnych na synodzie biskupów, do którego dołączono zbiór podstawowych artykułów Wiary. Wyznanie to, po uzupełnieniu, przybrało formę popularnego w Europie wykładu prawd Wiary Katolickiej: Confessio fidei catholicae, wydanego w całości dwa lata później, za sprawą prymasa Dzierzgowskiego, w Krakowie, wielokrotnie przedrukowywanego (do roku 1573 r. 17 wydań) i tłumaczonego na inne języki (niemiecki, włoski i francuski). W owym Confessio Hozjusz uwzględnił również błędy zawarte w czwartej księdze traktatu o państwie Andrzeja Frycza Modrzewskiego de Ecclesia (O Kościele), który przekazali mu na synodzie piotrkowskim biskupi do recenzji, m.in. tendencje irenistyczne i demokratyczne (ostatecznie Modrzewski wydał tę księgę w Bazylei). Sojusznika jeśli chodzi o walkę w obronie Wiary znalazł Hozjusz w kapitule krakowskiej. Wybrano także na wspomnianym synodzie Hozjusza delegatem na otwarty na nowo przez papieża Juliusza III Sobór Trydencki, na którego obrady wskutek ich odłożenia (m.in. wskutek kolejnej odsłony wojny w krajach niemieckich wywołanej przejściem Maurycego saskiego na stronę protestancką) jednak ostatecznie nie wyjechał. 21 lipca 1551 roku, we Fromborku, Hozjusz odbył ingres na biskupa warmińskiego a następnie wizytację parafii w diecezji, podejmując działania w celu usunięcia protestanckich uzurpatorów na probostwach. Reformy rozpoczął od kapituły - od nowych kanoników wymagał przed objęciem beneficjum uroczystej przysięgi, że nie należą do sekt protestanckich i że w przyszłości do żadnej z nich nie przystąpią. Podjął także starania by do kapituły nie przyjmowano wychowanków protestanckich uczelni w krajach niemieckich.
Postępy herezji obrazowała scena z Mszy Św. w dniu 2 lutego 1552 roku, odprawionej z polecenia króla na rozpoczęcie sejmu w Piotrkowie. Podczas Podniesienia posłowie heretyccy otwarcie okazywali lekceważenie, zaś Rafał Leszczyński, którego obrano zaraz potem marszałkiem, nawet ubrał czapkę. Nastąpiła potem, podczas sejmu eskalacja wystąpień przeciw Kościołowi i duchowieństwu, uderzano zwłaszcza w sądy biskupie i ich jurysdykcję w sprawach herezji, przeciw której przemawiał także Jan Tarnowski. Sejm ów oglądał również pojednanie z Kościołem, ekskomunikowanego za skandal wzięcia sobie kobiety, ks. Stanisława Orzechowskiego, Hozjusz przybył na sejm dopiero w marcu, pod jego nieobecność najodważniej występował biskup krakowski Andrzej Zebrzydowski, napiętnując próby obalenia Wiary, zwiastujące to co już dokonało się w krajach niemieckich - zamachy na kościoły i godność biskupią oraz wypominając skandal w kościele z udziałem Leszczyńskiego jako obrazę Chrystusa Króla i króla Zygmunta zarazem, jak również pochód rewolucji pod sztandarami liberalizmu. Jak skonkludował: „To są początki w Polsce nieszczęść wszelakich, którym jeżeli nie zabieżysz, one królestwo twoje wniwecz obrócą. Lecz w tym miejscu występują przeciw nam, przeciwstawiąc nam wolności słodkie imię, jakoby w jej obronie to się działo. Jest że to jednak wolność a nie swawola największa, w której nie ma żadnego pomiarkowania, jeśli się gardzi prawami ludzkimi a lekceważeniem i bluźnierstwem obala Boskie, jeżeli się wszystko wwodzi w wir swarów i przekleństw, potwarzy, buntów i wojen? Owa bowiem prawdziwa i doskonała wolność nie jest rozpustna, ani sroga, ani dumna, ale jest skromna, obyczajna i cicha, przetoż nie wolności nasi przeciwnicy szukają, ale szkodliwej swawoli.” Na sejmie tym zmieniono też skład przedstawicielstwa na Sobór Trydencki – zamiast Hozjusza wybrano dwóch heterodoksyjnych biskupów Drohojowskiego i Uchańskiego oraz wojewodę lubelskiego Stanisława Tęczyńskiego, przydając im do pomocy jako sekretarza Andrzeja Frycza Modrzewskiego, co wywołało interwencję biskupów katolickich (list Zebrzydowskiego do Juliusza III) u papieża. Ostatecznie i ta delegacja, wskutek sytuacji w Niemczech i zawieszenia obrad soboru, do Trydentu nie dotarła. Jak podsumowuje x. J. Bukowski Sejm roku 1552 „wyprowadził na wierzch wszystkie namiętności heretyckie, które wrzały już od niejakiego czasu, lecz jeszcze zbyt jawnie pokazać się nie śmiały (…) Wystąpiły one prawie zupełnie jawnie jako potęgi niszczące, gotowe obalić Kościół, wiarę, obyczaj; a w następstwie zatrząść nawet władzą królewską i fundamentami państwa. Wolność szlachecka, zepsucie i obiecywana naprawa kościoła, czysta ewangelia, czyste słowo Boże, to były hasła i jakoby palliatywy, pod którymi ukryte swe zamiary i błędy swoje wprowadzały.”
Tragizm sytuacji uwidaczniał najlepiej posejmowy obrazek - 26 maja 1552 roku, w święto Wniebowstąpienia Pańskiego do katedry wawelskiej wszedł przed Sumą ekskomunikowany Hieronim Ossoliński i na wezwanie do opuszczenia kościoła odpowiedział że będzie w nim siedział dopóki wszyscy księża pierwsi z kościoła nie ustąpią. W rezultacie Msza Św. nie odbyła się – nie odważono się wyprowadzić zuchwalca, kapituła z biskupem Zebrzydowskim złożyła natomiast skargi do króla, który, jak to miał w zwyczaju, przeczekał sprawę. 30 maja 1552 roku Ossoliński wtargnął ze swymi zwolennikami na obrady kapituły krakowskiej, oskarżając kanoników że o karach kościelnych nie wiedział. Nic dziwnego, że w liście do Hozjusza z 1 kwietnia 1553 r. kanclerz Jan Ocieski pisał: „nie wiem jak możemy błędom w sąsiednich krajach szerzącym się chcieć zaradzić, gdy u siebie nie tylko na takowe błędy pozwalamy, lecz je nawet milcząco jakby pochwalamy, tak że te błędy, które dotąd tu i ówdzie jakby rozproszone się pokazywały, teraz coraz więcej korzenie zapuszczają i wzbijać się poczynają, w której to rzeczy nie tylko wykonawcy, ale i tego który, stróżować i donosić powinien, wymówić nie mogę. Prywatne bowiem nasze sprawy więcej nas obchodzą aniżeli całego Kościoła (…) Gdy bowiem niedawno jeszcze o kilka mil od Krakowa nie bez wielkiego strachu odbywano wieczerzę Pańską w sposób heretycki, teraz odbywa się to pod samymi murami zamku krakowskiego bez żadnej obawy i bezkarnie dzieją się rzeczy, które długo by wyliczać” (przekład x. J. Bukowskiego). W kolejnym liście z 28 kwietnia Ociecki pisał: „gdy ta tyrańska dowolność w stawianiu coraz nowych dogmatów, przez którą lud do coraz nowych błędów z podeptaniem wszelkiej boskiej i ludzkiej powagi się pociąga, nie tylko bez wielkiego grzechu, ale i bez niebezpieczeństwa dłużej tolerowaną być nie powinna”.
Tymczasem Hozjusz, który po sejmie piotrkowskim 1552 zachorował (i dając osobisty przykład odmawiał zatrudnienia lekarza heretyka), wrócił do zdrowia i 9 czerwca spotkał się w Toruniu z udającym się do Prus Królewskich królem, podążając wraz z nim do Elbląga, Malborka i Gdańska (8 lipca). Podczas tej podróży luterański magistrat pruskich miast wywierał na Zygmunta Augusta naciski o wolność religijną to jest swobodne wyznawanie wiary luterskiej. W Elblągu głównym szermierzem luteranizmu okazał się kaznodzieja Piotr Ersam z kościoła NMP, którego Hozjusz zawezwał przed sąd biskupi do Gdańska. Wykładał też cierpliwie Hozjusz królowi by nie podejmował decyzji w kwestiach Wiary, gdyż ta sfera przynależy do Kościoła. Taką też odpowiedź przekazał Zygmunt August deputacjom mieszczan gdańskich i elbląskich, odsyłając ich do biskupa. Wobec niestawiennictwa Piotra Ersama na proces Hozjusz ogłosił jego depozycję i usunięcie z Elbląga, podobne działania podejmował wobec nie posiadających inkardynacji duchownych w innych parafiach, którzy sprzyjali herezjom protestanckim. Kolejnym polem walki okazała się szkoła w Elblągu, którą luterańscy mieszczanie zamierzali przejąć (co ostatecznie udało się w roku 1598). We wrześniu 1552 roku pisał też Hozjusz do „elbląskich kozłów” by władze miejskie nie mieszały się w kwestie małżeństw. W roku 1553 przybył osobiście na Wielki Post do miasta, prowadząc nauczanie katolickie. Rada miejska była jednak niemal w całości zlutrzona i przed Wielkanocą, biskup, oświadczając że uważa ich za ekskomunikowanych heretyków, wyjechał z miasta. Tak też potem traktował rajców elbląskich – na sejmie pruskim w Grudziądzu, we wrześniu 1553 roku nie podał im ręki przy powitaniu jako wyłączonym we wspólnoty wiernych. Uzyskał też Hozjusz u Zygmunta Augusta nakaz królewski by Elblążanie wrócili do Wiary Katolickiej, który przekazał przedstawicielom miasta na sejmie w Malborku (maj 1554), co wywołało ostentacyjne uczestniczenie w nabożeństwach katolickich. Kolejną falę „reformacji” w Elblągu wywołały wystąpienia kaznodziei Walentego Sarceriusza (jesień 1554), którego dopiero królewska komisja na jesieni roku 1555 z miasta usunęła. Po nim przybył jednak kolejny agitator luterski Jan Hoppe. Interweniował także Hozjusz w sprawach swej byłej diecezji chełmińskiej, której nowy biskup Lubodziejski nie chciał parać się walką z herezją, przydając mu jako kanclerza i doradcę Szymona Maryckiego oraz prosząc o wsparcie w kancelarii królewskiej, którego udzielił mu sekretarz królewski kanonik Gabriel Grabowiecki (jesień 1552). Pisał również Hozjusz do samego Lubodziejskiego. Tymczasem protestanci toruńscy (1553) wypędzili z fary katolickiego proboszcza i ściągnęli sobie ze Śląska, z Legnicy kaznodzieję Jana Hyalina (Glazera). Sytuacja w Toruniu stała się na tyle fatalna, że w liście do Hozjusza ze stycznia 1555 roku dwaj miejscowi katoliccy kapłani sondowali możliwość przeniesienia do diecezji warmińskiej. Dopiero w tymże roku biskup Lubodziejski zakazał Hyalinowi głoszenia nauk i zawezwał go przed sąd. Zwolennicy Hyalina przybyli do drzwi sądu biskupiego w Starogardzie odwołanie do arcybiskupa w Rydze a bezradny biskup znów odwołał się do króla. Wreszcie, w roku 1557 torunianie sami oddalili Hyalina z powodu jego niemoralnych występków. Podobny problem wystąpił w szkole w Chełmie, gdzie przez trzy lata, wskutek nieudolności biskupa Lubodziejskiego, wykładał heretyk Jan Hoppe (Oppius), przegnany wcześniej z Królewca, popierany m.in. przez wojewodą malborskiego Achacego Czemę. Hozjusz proponował nawet, za zgodą Lubodziejskiego, Hoppemu spotkanie, z którego ten wymówił się że ma własnego biskupa. Nieudolność biskupa Lubodziejskiego i jego przestawanie z heretykami doprowadziły wreszcie Hozjusza do przekazania mu by go więcej o radę nie prosił, lecz udał się do tych, których się w sprawach religii słucha (1555). Ostatecznie skłoniło to biskupa chełmińskiego do bardziej energicznych kroków i uzyskał mandat królewski potwierdzający wydalenie Hoppego. Mimo to Hoppe przy poparciu wojewody malborskiego działał dalej i dopiero po sejmie pruskim we wrześniu 1555 roku w Grudziądzu, na którym Hozjusz mocno przeciw heretykowi w szkole występował wydalono go z Chełmna. W tym też czasie (początek 1555) przeciw Hozjuszowi występował w Gdańsku heretyk Bretschneider, pisząc na niego szkalujące paszkwile w obronie Hoppego. Hozjusz interweniował u króla, który wydał stosowny nakaz i na pewien czas gdański aptekarz musiał się ukryć. Protestanci stosowali też inną taktykę, np. po skonfiskowaniu w roku 1558 jednemu z królewieckich kupców na terenie diecezji książek heretyckich i prośbie tegoż o pomoc skierowanej do księcia Albrechta Hohenzollerna ten pisał do Hozjusza by książki zwrócono, gdyż sobór nie określił jeszcze ostatecznie co jest herezją a co nie. W tym samym roku doszło do demaskacji jednego z protegowanych fromborskiego dziekana Kempena, który w samej katedrze wygłaszał kazania przepojone kalwinizmem.
Otrzymywał też Hozjusz, jak już wyżej wspomniano, pozostając w swojej diecezji, doniesienia o stanie rzeczy na dworze królewskim. Jak mu donoszono, stan sprawy Wiary Katolickiej nieco poprawił się po kolejnym małżeństwie króla Zygmunta Augusta – w sierpniu 1553 roku z Katarzyną Austriaczką, córką Ferdynanda I. Królowa ze swoim dworem stała się przykładem dla katolików w Krakowie. Gorliwością wykazywali się także Polacy z królewskiego dworu tacy jak podkanclerzy Przerębski i kanclerz (od 1552) Jan Ocieski. Gorsza sytuacja była w innych częściach monarchii jagiellońskiej, zwłaszcza tam, gdzie właściciele ziemscy poszli w luteranizm czy jeszcze radykalniejszą herezję kalwińską (jak wspomniany już Mikołaj Radziwiłł zwany Czarnym). Kłopoty Hozjusz też miał wśród własnych krewnych – przyrodni brat Stanisława Ulryk, z drugiego małżeństwa ojca, ożeniony z córką Josta Decjusza, wykazywał wyraźne protestanckie skłonności, nawrócił się dopiero przed śmiercią (1573) za sprawą wileńskiego jezuity o. Stanisława Warszewickiego.
W roku 1554, w listopadzie miał odbyć się synod prowincjonalny archidiecezji gnieźnieńskiej w Piotrkowie, na który został zaproszony ponownie także Hozjusz. Podczas jego przeprawy przez Wisłę na rzece znajdowały się pokruszone kry lodu, między którymi znalazła się jego łódź. W niebezpieczeństwie biskup zwrócił się z ufnością do Chrystusa z prośbą o ocalenie i szczęśliwie dokończył przeprawy. Do samego synodu, z powodu nieobecności większości biskupów nie doszło, o czym Hozjusz zawiadamiał w liście z 29 listopada warmińską kapitułę. W listach z tego roku do ks. Marcina Kromera Hozjusz żalił się że za krzywdy wyrządzane im przez heretyków katolicy sprawiedliwości na dworze dojść nie mogą. Protektorem protestantów w Prusach był Radziwiłł Czarny toteż 25 października 1554 tak pisał do Kromera: "O Boże na jakie czasy mnie zachowałeś! Wierz mi, taki ból ta sprawa zadała mej duszy, żem omal nie stracił przytomności. To sprawa Radziwiłła, ja każę Elbląg a on nagradza" - chodziło o przywileje jakie otwarcie sprzyjające protestantyzmowi miasto otrzymało od króla, m.in. prawo bicia monety. Jak zwierzał się dalej Kromerowi: "Tam gdzie rządzi nie Zygmunt August, lecz bezbożny Radziwiłł, nie chcę być ani biskupem, ani senatorem. Wolę ustąpić ze wszystkiego co posiadam i nagi naśladować nagiego Chrystusa, niż tu podlegać antychrystowi. Jeśli tego nie wystarczy, gotów jestem ofiarować życie, które w tym stanie rzeczy jest mi bardzo gorzkie". W tym samym miesiącu Zygmunt August za protekcją Czarnego Radziwiłła mianował na kasztelana Malborka heretyckiego działacza Stanisława Myszkowskiego. W liście do prymasa Dzierzgowskiego z 28 lutego 1555 r. Hozjusz pisał m.in.: „odkąd Polska przyjęła chrześcijaństwo nie był nigdy stan Kościoła tak opłakany a biskupi w równej pogardzie i poniżeniu. Dawniej przed biskupami mieli nawet królowie poszanowanie i lękali się ich cenzur. Teraz biskupi tak utracili ducha, że się nawet własnego cienia lękają i przeciw najpospolitszemu nawet człowiekowi boją się swej władzy użyć (…) Czas już, żebyśmy ze snu powstali i przez naszą działalność okazali, żeśmy nie są tylko biskupami z imienia”. Chodziło oczywiście o potępianie heretyków i stawianie ich przed kościelne sądy.
Tymczasem na sejmie rozpoczętym 28 kwietnia 1555 roku, na którym Hozjusz był nieobecny, posłowie najpierw skierowali do króla żądanie przyjęcia artykułów o wolności religijnej a potem uchwalono wystosować do papieża petycję z żądaniami dla Polski kielicha dla osób świeckich, zniesienia celibatu duchownych, wprowadzenia do nabożeństw języka narodowego i zezwolenia na zwołanie synodu narodowego. Ideę synodu narodowego popierał Jakub Uchański. Przerażony Ociecki pisał 5 maja do Hozjusza: „gdyby ojczyzna moja od heretyków, którzy już teraz dominują i co dzień w siły i zuchwałość rosną, tak dalece opanowaną i odmienioną została, żeby chrześcijan prześladować poczęła, opuściwszy wszystko, żeby religię katolicką zachować, do portu zbawiennego twego, ucieczką mą będącego, pragnąłbym się udać”. Niebezpieczeństwo dostrzegał też pracujący w śląskiej Nysie dla biskupa wrocławskiego uczony konwertyta Stafylus, który w liście do Hozjusza z 8 czerwca pisał „jak wielkie jest niebezpieczeństwo, z tego straszliwego wrzenia, jakie aż tu do nas dochodzi, wnosić możemy, tak iż chociaż ten ogień u nas [tj. na Śląsku] zdaje się już wypalać, u was w sąsiedztwie tym gwałtowniej się wzmaga”. Katoliccy biskupi postanowili wysłać 21 maja 1555 roku list do papieża Pawła IV by unaocznić mu powagę spraw w Polsce. Również król, obiecawszy szlachcie protestanckiej że zwoła synod, po zakończeniu sejmu postanowił sprawdzoną metodą sprawę rozmyć, posyłając o zgodę nań do Rzymu, z czym i resztą petycji miał pojechać do Pawła IV brat zmarłego biskupa krakowskiego, marszałek nadworny Stanisław Maciejowski, którego wyjazd jednak wstrzymano. Tymczasem, zaniepokojony rozwojem sytuacji w Polsce papież Paweł IV pod koniec 1555 r. wysłał nad Wisłę, wyznaczonego jeszcze przez Juliusza III, pierwszego nuncjusza apostolskiego – Alojzego Lippomana, biskupa Werony. Do jego przysłania przyczyniły się, jak pisze ks. Załęski, również prośby i nalegania Hozjusza. Potencjał tkwiący w polskiej złotej wolności dostrzegł tymczasem Jan Kalwin, który pisał do osób w Polsce, nawet do Zygmunta Augusta (listy z 5 grudnia 1554, 25 lutego 1555 i z 24 grudnia 1455) by odrzucili papistowskie ciemności. Zygmunt August odpisał mu w swoim zwyczaju – grzecznie ale zbywająco, jak ocenił Kalwin: bez koniecznej gorliwości. Kalwin prosił też znanego rewolucjonistę Jana Łaskiego, wyrzuconego w roku 1553 z Anglii za nadmierny radykalizm, by przybył do Polski, gdzie jest dogodny czas do „nowej ewangelizacji”.
Lippomano, po przybyciu przez Wiedeń i Wrocław w październiku roku 1555 do Polski, miał zatem wiele zgryzot. Ten doświadczony kapłan i dyplomata, był wcześniej nuncjuszem w Portugalii i krajach niemieckich, potem jednym z przewodniczących obrad Soboru w Trydencie, wreszcie sekretarzem papieża Juliusza III. Posiadał zatem zaprawę w bojach z protestantami, którzy nad Wisłą przywitali go czarną propagandą, szerzoną m.in. przez pozostającego pod protekcją Czarnego Radziwiłła heretyka Wergeriusza, kapłana-renegata pochodzącego z Włoch (Piotr Paweł Vergerio). Również katolicy zachowawczy tacy jak Tarnowski obawiali się otwartego konfliktu i schizmy. Z Warszawy Lippomano skierował się do Wilna, gdzie przebywał król. Hozjusz tymczasem nie ustawał w swoich staraniach obrony Wiary, pisząc m.in. listy do Zygmunta Augusta, w których go do Wiary Katolickiej nakłaniał. Pisał wówczas (18 września 1555 r.) do biskupa warmińskiego, dziękując mu za te listy sekretarz królewski Stanisław Karnkowski, biadając że król styka się często z heretykami a zatem niemożliwością jest by coś z ich trucizny nie przejął. Również Lippomano zauważył po czasie zgubny wpływ heretyków na króla, zwłaszcza Mikołaja Radziwiłła Czarnego, który należał do najbliższych doradców i przyjaciół Zygmunta Augusta. Król przyjął go tymczasem uprzejmie, ale unikał kłopotliwych tematów oraz podejmowania jakichkolwiek stanowczych kroków. Na początku roku 1555 zjechał król z dworem do Warszawy a z nim i nuncjusz, pojawił się również Hozjusz, zapraszany przez Lippomana już do Wilna. Biskup warmiński próbował spotkać się z podkanclerzym Przerębskim by napomnieć go z powodu zbytniej pobłażliwości wobec heretyków a ten ostatni unikał spotkania mimo umówienia go w Łowiczu, na co Hozjusz skarżył się ks. M. Kromerowi w liście z 30 stycznia 1556 roku. Spotkał się natomiast Hozjusz z Lippomanem i wraz z nim wyjechał do Łowicza, gdzie czekał na nich arcybiskup gnieźnieński, nic jednak konkretnego nie uradzono. 1 marca 1556 roku wydał jednak Zygmunt August w Wilnie za namową Lippomana dekrety przeciw heretykom, z których niewiele jednak, jak zwykle wynikło, poza pozamykaniem zborów braci czeskich w Poznaniu, o czym proboszcz tamtejszej kolegiaty donosił w liście z 9 maja Hozjuszowi i to jedynie na pewien czas. Hozjusz napisał również polemikę z wydanym przez Wergeriusza traktatem jednego z protestanckich kaznodziejów Jana Brenza pod tytułem Obrona prawdziwej nauki chrześcijańskiej (Verae christianae catholicaeque doctrinae propungatio), zadedykowaną królowi i wydaną w roku 1558 roku, w Kolonii przez o. Piotra Kanizjusza. We wstępie Kanizjusz zamieścił laudację na cześć Hozjusza, żałując że nie ma więcej takich biskupów bo „inaczej wyglądałaby sprawa religii, o ile by łatwiej i bezbożność była usunięta, i uczciwość wszelka dała się światu przywrócić” (cyt. za: J. Umiński: op. cit.)
W tym samym czasie, na wiosnę 1556 roku stanął wreszcie u Pawła IV posłany przez Zygmunta Augusta Stanisław Maciejowski z żądaniami nabożeństw w języku polskim, Komunii pod dwiema postaciami, małżeństw księży i synodu narodowego. Reakcja papieża Caraffy była łatwa do przewidzenia: uznał żądania za nieprzyzwoite i niemożliwe do spełnienia a także na tyle alarmujące, że należy przyspieszyć wznowienie obrad soboru powszechnego. Spośród kleru polskiego papież miał zaufanie jedynie do Hozjusza, którego wezwał 22 października 1557 roku do Rzymu. Tymczasem mnożenie się sekt protestanckich i kłótnie między nimi zaczęły skłaniać ulegającą dotąd reformacji szlachtę do zastanowienia. Rok 1556 był jednak świadkiem zjazdów heretyckich m.in. w Pińczowie oraz synodu zwołanego przez Lippomana na wrzesień do Łowicza. Wcześniej miała jednak miejsce sprawa Doroty Łażęckiej – służącej jednego z sochaczewskich żydów, dla którego wykradła z kościoła Hostię, następnie profanowaną przez czwórkę żydów. Według zeznań Łażęckiej i jej pryncypała podczas kłucia z Hostii popłynęła krew. Po procesie i zeznaniach, podczas których stosowano torturę, oboje zostali skazani na spalenie – egzekucję wykonano w piątek przed Wniebowstąpieniem Pańskim. W obronie pozostałych trzech żydów rozpętała się kampania propagandowa, tak iż starosta sochaczewski postanowił ich wydać wojewodzie rawskiemu do Płocka, gdzie ich osądzono i 1 czerwca zostali straceni. Tymczasem żydzi znaleźli dojście do przebywającego na Litwie króla, który miał wśród tej grupy swoich wierzycieli. Zygmunt August zgodził się na wstrzymanie kary do czasu zbadania sprawy przez mianowanych przez siebie komisarzy. Gdy wyszło na jaw że trójkę żydów stracono wybuchło oburzenie, podsycane przez heretyków, którzy obwiniali za całość Lippomana. 1 września Radziwiłł Czarny napisał do nuncjusza zjadliwy list, będący odpowiedzią na list tegoż z lutego, wyzywając Kościół Katolicki od babilońskich nierządnic i państw Antychrysta. List ów stanowił hasło do kolejnych heretyckich paszkwili, drukowanych w luterskich Prusach Książęcych.
6 września 1556 r. rozpoczął się wspomniany synod w Łowiczu, na który stawił się również Hozjusz a na którym Lippomano wezwał biskupów w imieniu papieża do energicznego zwalczania herezji i obrony Kościoła. Biskupi woleli się jednak kłócić między sobą o kwestie formalne i jak napisał potem nuncjusz księciu Paliano – nie było między nimi miłości chrześcijańskiej a nawet się nienawidzili. Podjęto wreszcie merytoryczne obrady i ustalono że należy uzupełnić wyznanie wiary ułożone w roku 1551 przez Hozjusza a to z powodu pojawienia się nowych, radykalnych sekt antytryniarnych, przyjmując formułę z uczelni w Louvain. Ogólnie jednak synod niewiele wniósł a już 30 września, komentując sytuację w korespondencji z Hozjuszem dworzanin Zygmunta Augusta Jan Grodziecki zauważał że koronni biskupi w sprawach religii nadto łatwymi się okazują. Mimo to sejm koronny roku 1556, na którego początku ponownie Hozjusz nie był obecny, gdyż uczestniczył w sejmie pruskim, w Grudziądzu, rozczarował protestantów. Biskup warmiński napisał jednak z jego okazji i do króla, i do królowej Katarzyny, przestrzegając by nie dali się zwieść heretykom. Wreszcie sam przybył w połowie grudnia do Warszawy i wraz z innymi biskupami podjął inicjatywę prywatnej audiencji u króla, przemawiając przeciw wyjątkowo aktywnym Lismaninowi i Wergeriuszowi. Ten ostatni rozpowszechnił wśród szlachty list do Zygmunta Augusta, w którym wzywał monarchę do odrzucenia obrzydłego papizmu i przyjęcia czystej „ewangelii” czyli wiary luterskiej. Zgłosił także chęć publicznej debaty z Lippomanem. Król tymczasem planował uniknięcie niewygodnych tematów, wzywając sejm do skoncentrowania się na sytuacji w Inflantach. Mimo to sprawa religii wybuchła i w aspekcie wolności kultu protestanckiego, i jurysdykcji nad heretykami. Obronę przed żądaniami protestanckiej szlachty zorganizował Hozjusz – biskupi wystąpili na sejmie, odmawiając mu kompetencji rozstrzygania kwestii wiary, co chętnie poparł król. Jednocześnie jednak ostatni Jagiellon tradycyjnie już przymykał oko na praktykę tj. przejmowanie kolejnych kościołów przez protestantów m.in. w Toruniu, Elblągu i Gdańsku (1557). Hozjusz występował też przeciw protestantom w sprawie jurysdykcji biskupiej, zarzucając im że sprawa ta stanowi pretekst do podkopywania powagi urzędu biskupiego, by obaliwszy ten autorytet zwrócić się następnie przeciw władzy królewskiej i zaprowadzić anarchię. Jak wyraził to potem w liście do Uchańskiego: „aby biskupi nie byli biskupami ani król królem i aby żadnego praw ojczystych wykonawcy nie było; niech każdy wierzy w co chce, czyni co chce, wszyscy zarówno są kapłanami i biskupami, wszyscy zarówno królami być powinni (…) Panować więc chcą, nie podlegać i nie do czego innego jak do anarchii, wszystkie ich zamiary zdążają”. Po tej mowie nie było już w senacie nacisków w kwestii jurysdykcji biskupiej nad heretykami, przyjęto też postanowienie by za nieprzyjaciela ojczyzny i burzyciela pokoju był uważany ten kto wprowadza nowości religijne bądź stosuje przemoc w postaci zajmowania kościołów, grabieży i wypędzania kapłanów. Napór heretycki na sejmie został zatem na razie powstrzymany. 9 stycznia 1557 roku ukazał się edykt królewski potwierdzający powyższe ustalenia, zakazujący w szczególności bluźnierstw przeciw Bogu, Ofierze Mszy Św. i Sakramentom Św., wprowadzania nowych obrzędów, wszczynania rozruchów na tle religijnym i zaboru katolickich kościołów. Jak się wkrótce okazało owe piękne słowa Zygmunta Augusta pozostały po raz kolejny na papierze. 14 czerwca tego roku kaznodzieja królewski ks. Jan Pikarski pisał Hozjuszowi że Kościół jest udręczony z powodu niedbalstwa przełożonych duchownych a w królu mała nadzieja, bo zawsze obiecuje a biernie patrzy na nowinkarzy, którzy wyrzucają katolików z kościołów, obcuje z nimi i obdarza urzędami.