Para un lego como yo, vamos.. un ignorante en teológicas cuestiones y en casi todo, resulta complicado acudiendo solo al razonamiento, comprender el principio de la disciplina, la aceptación de las órdenes y opiniones del superior jerárquico. Todo se vuelve preguntas: Porqué superior? Quién lo decide? Porqué obedecer si no estoy de acuerdo? Y así muchísimas más preguntas.. también está el propio ego: Yo soy más listo, mejor, porqué obedecer si pienso que es un idiota?.
Como digo las preguntas son infinitas, subyace la voluntad del yo de resistir a la voluntad de otro. La principal dificultad reside en ver que no se trata solo de la persona, el ser humano, el individuo. Sino de la organización, la institución. Resulta difícil comprender que el jefe, entendido este como el máximo director de una institución, cuenta con la información proporcionada por la propia institución, y toda su historia , no es un individuo sino todos los individuos de esa institución en ese momento, y aún más todos los individuos que han realizado con anterioridad la institución, su pasado, y todavía más los que vendrán pues en ello se piensa cuando se pretende continuidad. Además está otro factor, que no tiene por qué tener de por si el jefe. La experiencia de la institución en cuanto le ha ocurrido con anterioridad. La visión de conjunto.
Naturalmente hay otros muchos factores, los equipos asesores, las reglas y protocolos establecidos, el momento, la oportunidad, las opciones, probabilidades, etc etc.
Por último el pragmatismo. La consciencia del individuo de que solo tiene mucha menos fuerza que acompañado.
Ocurre que, en contra de lo que la propia razón pregona, "idiotas" bien asesorados pueden vencer con gran facilidad a genios solitarios.
No todos los Papas eran genios ni mucho menos, pero ahí está la iglesia después de dos mil años. Dijo el Quijote: con la Iglesia hemos topado... querido Sancho.

Excelente, poco más que decir, salvo que gracias @EDGARIUS por tus palabras.