Williamson bol do roku 2012 členom Spoločnosti sv. Pia X., odkiaľ ho však vyhodili, lebo sa nepodriaďoval pokynom svojich nadriadených. Vatikán ho exkomunikoval z cirkvi už v roku 1988 - po tom, ako aj napriek pápežským príkazom prijal vysviacku od arcibiskupa Mons.Lefebvra
V roku 2009, po rezignácii pápeža Benedikta XVI., mu v snahe urovnať rozpory medzi Vatikánom a kresťanskými fundamentalistami bolo umožnené vrátiť sa do cirkvi.
Vatikán o jeho rozhovore pre švédsku televíziu nebol informovaný.
Biskup Williamson bol po druhý raz exkomunikovaný v roku 2015, keď bez súhlasu vyšších cirkevných orgánov vysvätil nového biskupa v Brazílii.
o.Wiliamson bol znova exkomunikovaný za neprávoplatné vysvätenie biskupa v r.2015