Josef Vaz war das dritte von sechs Kindern der gläubigen Katholiken Christovao Vaz und seiner Ehefrau Maria de Miranda. Während seiner Schulzeit lernte er bereits Portugiesisch und Latein und war von Mitschülern und Lehrern geschätzt. Vielleicht ging seine Priesterberufung auf diese Zeit zurück. Eine Hochschulausbildung in der Sadt Goa (heute Velha Goa) schloss sich an, wo er nach den damals üblichen klassischen Vorstudien Theologie studierte. 1675 wurde er zum Diakon, 1676 zum Priester der Erzdiözese Goa geweiht. Von da an ging er barfuß wie die Armen. 1677 weihte er sich der Gottesmutter und bezeihnete sich fortan als "Sklave der Jungfrau Maria". Er wurde ein gesuchter Beichtvater und Prediger und gründete eine Lateinschule für künftige Seminaristen. 1681 wurde er, statt als Missionar nach Ceylon gehen zu dürfen, wie er sich gewünscht hatte - die calvinistischen holländischen Eroberer hatten alle katholischen Priester ertrieben und unterdrückten die Katholiken - nach Kanara gesandt; dort sollte er die Jurisdiktionsansprüche des Bistums gegen die des Vatikans durchsetzen. Stattdessen mühte sich Joseph Vaz, der entsetzt war über die Spaltung, mit Demut und diplomatischen Geschick um Ausgleich zwischen den tief zerstrittenen Parteien. Er sah auch deutlich, dass dieser Zustand der Kirche den Missionserfolg bei den Hindus torpedieren musste. Joseph Vaz missionierte in einem weiten Gebiet, gründete neue Kirchengemeinden und Schulen, und wegen des Priestermangels lehrte eer die Gemeinden, sich regelmäßig zum Gebet zu treffen und sich gegenseitig im Glauben zu stärken. Um die Armen zu unterstützen, verdingte er sich auch als Knecht. Bald stand er im Ruf der Heiligkeit, auch Wuder wurden ihm nachgesagt. Als Hindus ihn entführten, um ihn zu töten, flammte da, wo er zum Gebet niedergekniet war, ein Licht auf, und Wasser sprudelte aus der Erde hervor, sodass seine Entführer entsetzt flohen. Die Quelle existiert noch, und zu der Kirche dort, in Mudipu, kommen bis heute jährlich tausende von Pilgern. Nach drei Jahren Tätigkeit nach Goa zurückgerufen, drängte es ihn zum Ordensleben. Mit anderen gründete er eine Gemeinschaft nach den Regeln des Oratoriums des hl. Philipp Neri, das erste einheimische Kloster. (Die Gemeinschaft wurde 1706 von Papst Clemens XI. anerkannt.)