Die Pharaoameise kann in Krankenhäusern unter Wundverbände von Patienten kriechen, da sie von Blut und Eiter angelockt wird. Wegen ihrer geringen Größe und ihrer Vorliebe für Ritzen und Spalten kann sie zudem in medizinische Geräte wie Kanülen, Katheter etc. eindringen und diese dadurch verunreinigen. Da sie auch Krankheiten übertragen kann, stellt die Pharaoameise ein ernstzunehmendes Problem in Krankenhäusern dar und wird deshalb bekämpft.

Die Ameisen können auch in Computer eindringen, da sie durch die günstigen Temperaturen angelockt werden. Dort können sie Systemabstürze und Elektrobrände verursachen.

Die Bekämpfung der Pharaoameise ist wegen der versteckten Lage der Nester schwierig. Das Abtöten der Arbeiterinnen mit sofort wirkenden Insektiziden hat wenig Wirkung, da die Verluste von den Königinnen im Nest schnell wieder ersetzt werden. Daher werden die Pharaoameisen nur mit Fraßgiften bekämpft, die auch ins Nest getragen und dort an die Königin und die Brut verfüttert werden.